После смены власти и прихода к ней гетмана Скоропадского, возник вопрос об организации Украинской Академии наук, что и было предложено сделать Вернадскому, который при этом исходил из следующих соображений: «Лучше всего взять за образец Российскую Академию, приблизить её к запросам жизни. Академия лучше должна способствовать быстрому развитию производительных сил, материальной и духовной культуры украинского народа». При этом Вернадский поставил условие: он не будет принимать украинское гражданство.
Об этом периоде жизни Вернадского в книге «Сто великих учёных» говорится: «Бурные события гражданской войны застали его в Киеве. Здесь он активно участвует в создании Украинской Академии Наук и избирается её президентом... Создание Украинской Академии Наук стало ярким проявлением организационного таланта Вернадского... Со времён Ломоносова никто так много не сделал для организации отечественной науки» (подчёркнуто мной - В.Б.).
В связи с последним интересное замечание. В сборнике «Сто великих россиян» Константина Рыжова к таковым отнесены: Михаил Ломоносов, Николай Лобачевский, Дмитрий Менделеев, Иван Павлов, Лев Ландау. Владимира Вернадского среди них нет!
Академия Наук открылась в 1919 году; Вернадский организовал также в Киеве научную библиотеку, работал над преобразованием Киевского университета в государственный, способствовал открытию университета в Екатеринославе и других учебных институтов. Академия состояла из 26 членов, имела 15 комиссий и комитетов по различным областям знаний, зоологического кабинета, библиотеки, трёх институтов. Всего в ней числилось 140 сотрудников.
Библиотека формировалась как научная и общедоступная, она и по сей день расположена в помещении Первой Киевской гимназии и носит имя Вернадского.
Г.Аксёнов отмечает: «Все созданные им учреждения действуют до сих пор, подтверждая таинственное свойство культуры и цивилизации распространяться, не теряя напряжения и силы, и противостоять силам варварства и разрушения».
Но научно-организационной работы Вернадскому мало, он начинает эксперименты по живому веществу, один из которых даёт чрезвычайно важный результат, но с приходом к власти большевиков ему, «бывшему министру и богатому помещику» оставаться в Киеве стало опасно, и он отправляется на биологическую станцию в Староселье.
В Киев приходит Добровольческая армия Деникина, с которым Вернадский ведёт переговоры о поддержке Академии, но вскоре к городу приближаются большевики, и Вернадский уезжает на юг — в Ростов, затем в Крым. В Ялте его встретили жена и дочь.
К весне 1920 года начались занятия в Симферопольском Таврическом университете, где вместе с Вернадским работали физики Иоффе и Тамм, геолог Обручев и ряд других известных впоследствии учёных. Здесь он организует уже четвёртый в своей жизни минералогический кабинет, при нём начал работать крымский вариант КЕПС.
КЕПС в обстановке общей разрухи начала энергично работать, наметила пути разведки полезных ископаемых, энергетических ресурсов, воды, нашли способ делать бумагу из местного тростника.
Через год, выступая перед учёными в Петрограде с отчётом о научной работе в Крыму, Вернадский говорил: «И как бы далее ни сложилась жизнь, ясно, что научная работа пойдёт и дальше по этому же пути, ибо мы видим, что научная работа всё время идёт без всякой связи с меняющимися и непрочными темпами политической жизни. Она является здоровым жизненным проявлением, имеющим корни в глубине духовной жизни страны, которые переживут всякие внешние обстоятельства» (выделено мной - В.Б.).
Вернадский получает приглашение уехать на работу в Англию и записывает в дневнике: «Невольно думаю о Лондоне, как-то хочется иметь в руках то мощное оружие. Какое даёт библиотека и лаборатория. Сейчас я трачу по крайней мере в 10 раз больше усилий для получения эффекта, чем в нормальных условиях. Буду читать журналы, как с Северного полюса... Ужас берёт, когда оцениваешь культурный урон...»
Вернадский ждёт отплытия корабля, получив от Струве чек на 100 фунтов стерлингов, необходимых для начала английской жизни.
Но в это время умирает ректор Таврического университета, и к Вернадскому идут делегации от сотрудников университета, его просят занять эту должность, должность ректора университета, в котором учится 1800 студентов, а барон Врангель после личной встречи с Вернадским обещает университету поддержку правительства. Правда, встреча эта состоялась случайно: по ошибке, вместо сына В.И.Вернадского Георгия, которому намеревались предложить должность в правительстве, к барону Врангелю попал его отец.
Вернадский после этого выступил перед студентами, собравшимися во дворе университета, где говорил о роли науки и культуры в восстановлении нормальной жизни, для чего необходимо не только учиться, но и развивать самодеятельность и свободную научную мысль.
Но в ноябре 1920 года началось крушение белого движения, эмигрировал Георгий Вернадский, служивший в правительстве Врангеля, он вместе с женой отплыл на корабле «Рион» в Константинополь.