Вы ведь знаете доверенного придворного великого князя Афанасия Васильевича Шемякина. Он прибыл сюда, в Швецию, чтобы служить нам, и мы оказали ему наши большие королевские милости, и мы не будем силой отвращать его от его религии, в которой он жил до сих пор. Также и вас, если вы захотите перейти на службу к нам, мы не будем силой обращать в другую веру… Так зачем же вам терпеть такую жестокость, нехристианскую тиранию и жалкую смерть? Не лучше ли уйти к нам, христианскому господину, от такой большой жестокости? Вы можете действительно без всяких обиняков не опасаться какого-либо коварства или лжи. И вы можете предаться нам, христианскому господину, вместе с вашими женами и детьми. Тех же, кто не подчинится нам добровольно, мы вместе с нашим войском покараем огнем и мечом самым ужасным образом».
Это письмо, хранящееся в Государственном архиве Швеции, написано на русском языке и скреплено королевской печатью. Очевидно, в его составлении участвовали Пэр Йонссон и Афанасий Шемякин. По приказу короля Афанасий от своего имени написал письма воеводам Нотебурга, Кексгольма, Нарвы и Витгенштейна с призывом перейти на сторону шведов. Шведское правительство использовало русских перебежчиков так же, как литовское, которое с помощью Т. Тетерина, М. Сарыхозина и А. Курбского пыталось призвать к неповиновению и склонить на свою сторону русских бояр и воевод.
Таким образом, Юхан III использовал Афанасия Шемякина не только как источник информации, но и как аргумент в пропаганде, направленной как на шведов, так и на русских. Он рассчитывал также, что письма перебежчика, попав к Ивану Грозному, возбудят его подозрения, следствием чего будет усиление репрессий, что в свою очередь будет способствовать переходу русских людей на его сторону.
В августе 1574 г. Шемякин со своими слугами переехал в Вестерос. В 1575 г. в его отношениях с Юханом III происходит перелом. Очевидно, король начинает подозревать Афанасия в том, что тот прибыл в Швецию по поручению царя, чтобы отравить его вместе с женой и детьми. Весной
1576 г. король в беседе с Йонссоном относительно Шемякина высказал мнение, что подобные слухи имеют под собой почву, и дал распоряжение усилить надзор за ним.
Подозрения против Шемякина, очевидно, не подтвердились, но и доказать свою невиновность он не мог. До конца 1577 г. он содержался в замке в Вестеросе. Режим его содержания не был особенно строгим: дверь в его помещении не запиралась, так что днем он мог выходить из замка; у него был слуга, который готовил ему пищу, он получал довольно приличное содержание. В 1578 г. он, очевидно, находится в Стокгольме, а в следующем году был переведен в Вадстену.
В ноябре 1580 г. Понтус Делагарди взял Корелу. В своем донесении королю он сообщил, что перешедшие на сторону шведов Иосиф Семенский и Афанасий Сабуров открыли ему, что боярин Афанасий Шемякин послан царем в Швецию для того, чтобы отравить короля. В марте 1581 г. Семенский и Сабуров прибыли в Стокгольм, чтобы лично подтвердить королю измену Шемякина. После беседы с ними Юхан III приказал ужесточить режим содержания Шемякина в Вадстене: лишить его свободы передвижения и перевести на хлеб и воду. Теперь в милости у него были Семенский и Сабуров. Весной 1585 г. они по поручению короля поехали в Кексгольм, чтобы привести население уезда к присяге Шведской короне.
Вскоре королю стало известно о тайных сношениях Сабурова с боярами в Ореховецком уезде. Он приказал Делагарди провести следствие над ним. С этого времени имя Афанасия Сабурова не встречается в списках на получение содержания. Известно, что в 1586 г. какой-то русский боярин по имени Афанасий находился в заключении в Кальмаре. Это мог быть как Сабуров, так и Шемякин. Иосиф Семенский упоминается в источниках как переводчик. После 1597 г. он вернулся в Россию.
В июне 1588 г. король пишет дворцовому коменданту в Стокгольм о том, что Шемякин в чем-то проштрафился, и предписывает допросить Шемякина под пыткой о причинах его появления в Швеции. Из письма неясно, в чем состояла вина Шемякина; возможно, он пытался бежать. За такую провинность в 1576 г. был казнен шотландский капитан Гильберт Бальфур. Письмо короля обрекало Шемякина на пытки и мучения. Подобно Ивану Грозному, Юхан находил удовольствие в изобретении мучительных казней для тех, кого он подозревал в заговоре против себя.
После 1588 г. имя Афанасия Шемякина больше не встречается в документах; возможно, вскоре после этого письма короля он был умерщвлен. Вполне вероятно, что он не был замешан в каких-либо кознях Ивана IV против Юхана III, и его бегство в Швецию не было спланированной царем акцией возмездия. Нельзя исключить и того, что царь сам распространил слухи о нем, чтобы расправиться с перебежчиком руками своего соперника — шведского короля.