В городе начались конфликты между Репней-Оболенским, местным боярством и «черным людом». Псковское вече решило искать «правду» на наместника и отправило в Новгород челобитчиков — там находился великий московский князь с немалой военной силой, состоявшей из конных детей боярских. К тому времени у него скопилось немало жалоб псковского наместника на горожан, которые якобы «творили ему бесчестие».
Государь «всея Руси» действовал решительно. Выборные лица города Пскова и челобитчики были взяты под стражу — «пойманы». Василий III Иванович потребовал от Пскова снять вечевой колокол, упразднить выборные должности и принять от него двух наместников. Псковичи, помня о печальной судьбе Великого Новгорода, подчинились ультиматуму. Прибывший великокняжеский дьяк Третьяк Долматов заявил на вече, что в противном случае государь «всея Руси» применит военную силу и «станется кровопролитие над теми, кто не сотворил» его воли.
13 января 1510 года вечевой колокол был сброшен на землю. Псковичи, «на колокол смотря, плакати по своей старине и по своей воле». Псковский вечевой колокол под надежной охраной отправили к великому князю в Новгород.
Через неделю в город прибыл великий московский князь в сопровождении войска и большой свиты. Целый месяц он занимался устройством нового владения Москвы. В нее из Пскова выселили 300 наиболее богатых купеческих семейств — «лучших людей». Переселенцев расселили и по Подмосковью. На их место прибыло 300 купеческих семейств из московских городов. Конфискованные вотчины раздали великокняжеским служилым людям. Коренных псковичей изгнали из Среднего города, где «запустело» полторы тысячи дворов. Там поселили тысячу новгородских помещиков — военнообязанных дворян. Но в отличие от своего отца, Василий III не тронул церковных имений.
Так Вольный город Псков с «пригородами» Изборском, Опочкой, Выбором, Вревом, Вороночью, Вельем, Красным, Островом, Гдовом и Владимирцем вошел в состав централизованного Русского государства. Вхождение Псковской республики в него прошло безболезненно, без пролития крови, как и при решении окончательном вопроса о судьбе Великого Новгорода.
Уже ближайшие годы показали, что благополучие жителей города не пострадало от действий великого московского князя. Дальнейшее экономическое развитие Пскова считается успешным, не говоря уже о безопасности его границ с немецким Ливонским орденом.
Оставалась нерешенной еще одна государственная проблема огромной важности. Древнерусский город Смоленск продолжал оставаться владением Великого княжества Литовского. Через Смоленск шла прямая дорога на Москву, Минск и Вильно. Помимо стратегического значения, Смоленщина была еще и богатой землей. Пенька из Смоленска вывозилась во многие европейские страны.
В 1506 году умер бездетный великий литовский князь Александр Казимирович. Василий III, действуя через его вдову и свою сестру Елену Ивановну, попытался использовать шанс занять неожиданно освободившийся престол свояка. Однако реальных на то оснований у него не оказалось, да и не могло быть.
Борьбу за великое княжение в Литве повели влиятельный и богатый князь Михаил Глинский, поддержанный братьями, и брат умершего Александра Казимировича — Сигизмунд, поддержанный католической церковью. Победил последний, и в январе 1507 года состоялась торжественная коронация Сигизмунда I.
Для Москвы он теперь стал опасным противником, являясь одновременно польским королем и великим литовским князем. Война не заставила себя долго ждать — уже в марте этого года посольство Сигизмунда I потребовало от восточного соседа возвращения русских Северских земель, которые отошли к нему в результате последней войны.
Об уступке Северщины не могло быть и речи. Тогда король Польши, получив вежливый, но решительный отказ, начал войну против великого княжества Московского в союзе с Ливонским орденом, Крымским и Казанским ханствами. В военном отношении антирусская коалиция выглядела весьма внушительно.
Ответом на это стало вооруженное выступление в Литве против Сигизмунда I князей братьев Глинских — Михаила, Василия, Ивана и Андрея — сторонников Москвы. Восставшие князья во главе своих дружин заняли города Мозырь и Клетцк, осадили Житомир и Овруч. Успех на первых порах сопутствовал восставшим, которые ожидали получить московскую военную помощь.
Однако начавшееся движение белорусского и украинского народов, прежде всего крестьянства в этих областях, оттолкнуло от Глинских многих поддерживавших их шляхтичей. Братья Глинские, чьи отряды заметно поредели, не смогли взять укрепленные города Минск и Слуцк.
Василий III Иванович не медлил с военными действиями. В его распоряжении имелось более 100 тысяч ратников, которых можно было направить на большую войну: конное дворянское ополчение, «пищальники» — воины с огнестрельным ручным оружием, «посоха» или «посошная рать» из военнообязанных крестьян, артиллерия — «наряд».