Лишь накануне выхода конвоя в море Адмиралтейство выпустило инструкции, касающиеся действий сил прикрытия. В них говорилось, что к западу от острова Медвежий защищать конвой от атак немецких кораблей должны наши надводные силы. К востоку от Медвежьего эта задача возлагалась на подводные лодки. Крейсерская эскадра (ближнее прикрытие) не должна заходить восточнее острова Медвежий, если только конвою не будет угрожать нападение немецкой эскадры, с которой крейсера смогут справиться, то есть в ней не будет «Тирпица». Но в любом случае крейсера не должны заходить далее 25° восточной долготы. Следует отметить, что Адмиралтейство допускало, что «Тирпиц» может атаковать конвой к востоку от острова Медвежий. В этом случае лишь призрачная надежда, что наши подводные лодки сумеют торпедировать немецкий линкор, могла спасти конвой от уничтожения. Возникает вопрос: а следовало ли отправлять транспорты, если обстоятельства складывались так неблагоприятно? Как заметил один из адмиралов, военные корабли могли пойти на такое, поскольку их высокая скорость давала некоторую надежду увернуться от бомб и торпед. Но тихоходные неуклюжие транспорты не могли на это рассчитывать. Ответ заключается в том, что решение не останавливать отправку конвоев было принято на самом высоком политическом уровне, несмотря на протесты моряков. Поэтому Адмиралтейству оставалось лишь исполнять приказ, забыв про возражения.
В целом диспозиция флота, развернутого для защиты конвоев PQ-17 и QP-13, была такой же, как и в предыдущем случае. Непосредственное прикрытие конвоя было возложено на соединение капитана 2 ранга Дж. Э. Брума, находившегося на эсминце «Кеппел». Оно состояло из 6 эсминцев, 4 корветов, 3 тральщиков и 4 траулеров. В состав конвоя были включены 2 корабля ПВО «Паломарес» и «Позарика» и одно САМ-судно «Эмпайр Тайд», а также 2 подводные лодки. Ближнее прикрытие осуществляла эскадра контр-адмирала Л.К.Г. Гамильтона, состоящая из британских крейсеров «Лондон» (флагман) и «Норфолк» и американских крейсеров «Тускалуза» и «Уичита». Их сопровождали 3 эсминца. Дальнее прикрытие было возложено на соединение, которым командовал сам адмирал Тови. В него входили линкор «Дьюк оф Йорк» (флагман), американский линкор «Вашингтон» под флагом контр-адмирала Гиффена, авианосец «Викториес» под флагом вице-адмирала сэра Брюса Фрезера, крейсер «Нигерия» под флагом вице-адмирала Г.М. Барроу, крейсер «Камберленд» и 14 эсминцев.
Чтобы обмануть противника, в море был отправлен ложный конвой, состоящий из 5 минных заградителей и 4 угольщиков в сопровождении крейсеров «Сириус» и «Кюрасо», а также 5 эсминцев и нескольких траулеров. Он должен был изображать диверсионное соединение, которому поручена высадка десанта в южной Норвегии. Предполагалось, что этот конвой отвлечет силы противника от двух других, особенно потому, что курс соединения дальнего прикрытия был выбран так, чтобы создать у немцев впечатление, что линкоры прикрывают диверсионное соединение. Но все усилия пропали даром. Немцы даже не заметили ложный конвой.
Как уже говорилось, «Каталины» Берегового Командования были переведены в бухту Грязная в Кольском заливе. Они должны были патрулировать к востоку от острова Медвежий.
8 английских, 1 французская и 2 русские подводные лодки патрулировали в районе мыса Нордкап. Русские лодки занимали самые близкие к берегу позиции. Их зоны патрулирования должны были передвинуться на восток, когда конвой проследует мимо Нордкапа.
Наконец, Адмиралтейство проявило пророческий дар, включив в состав конвоя 3 спасательных судна — «Зафаран», «Ратлин» и «Замалек». Это были небольшие пассажирские суда водоизмещением около 1200 тонн. Каждое из них было подготовлено к спасению экипажей потопленных транспортов. Они имели на борту медицинский персонал и хорошо оборудованные лазареты, что было совершенно необходимо для спасения раненых.
Пока Адмиралтейство и главнокомандующий Флотом Метрополии согласовывали между собой меры, которые следует принять для защиты следующей пары конвоев, германское морское командование подготовило план операции
Надводные корабли были сведены в две группы. В Тронхейме находилась эскадра адмирала Шнивинда в составе линкора «Тирпиц» (флагман), тяжелого крейсера «Хиппер» и 6 эсминцев. В Нарвике стояли карманные линкоры «Адмирал Шеер» и «Лютцов» и еще 6 эсминцев.
К 10 июня на позиции северо-восточнее Исландии должны были выйти 3 подводные лодки. Их задачей было обнаружение конвоя и слежение за ним. Еще 5 лодок были направлены патрулировать к острову Медвежий.