Царский прихвостень Паисий Лигарид, митрополит Газский, с толпой духовных лиц и придворных, с воинством полковника Василия Философова окружил Воскресенский монастырь. Они не стали слушать объяснения Никона, что он проклинал не царя, а своего супостата Романа Бобарыкина, оттягавшего в суде часть монастырской земли. На месяц, пока велось жестокое следствие, монастырь был заперт и окружен стражей, а его мирские работники томились в тюрьме в колодках. Следствие ничего не дало, но Новый Иерусалим остался под стрелецкой охраной.
Никон видел, что его попытка уйти от мира несостоятельна. То и дело в монастырь по новым доносам набегали следователи. Царя особенно волновало пребывание в Новом Иерусалиме множества иноземцев — греков, поляков, украинцев, белорусов, новокрещеных немцев и евреев, монахов и бельцов, с которыми Никон вел довольно откровенные беседы о положении Православной церкви в России. Выговоры из Кремля сыпались на Никона один за другим, однако царь не забывал посылать своему бывшему другу и наставнику множество гостинцев, которые Никон делил с братией за общей трапезой.
Эта непоследовательность великого государя склонила Никона к мысли поддаться на уговоры хитроумного царского придворного Никиты Зюзина, писавшего в Новый Иерусалим, что Алексей Михайлович через своих приближенных — Афанасия Лаврентьевича Ордина–Нащокина, Артамона Сергеевича Матвеева и других — выражает настойчивое желание, чтобы патриарх вновь занял свое место в столице. Никон опасался коварства своих врагов, но в посланиях Зюзина царская воля была изложена весьма убедительно и подробно. Указывалось число, когда патриарх должен прийти к Москве, и время — к воскресной заутрене; говорилось, что Никон должен представиться у городских ворот архимандритом Саввино–Сторожевского монастыря.
В Успенском соборе, сев на патриаршее место и опершись на оставленный там при сошествии с кафедры посох святого Петра митрополита, Никон должен был принять одну за другой три делегации царских посланных и наконец взять из их рук ключи от патриаршего дворца. На этом затянувшуюся ссору царя и патриарха считалось возможным прекратить. Не без колебаний Никон поддался убеждениям Зюзина и поехал в столицу, выполняя все данные ему от имени царя предписания.
Внезапно появившись в Успенском соборе под пение «Достойно есть», изгнанник целовал иконы, взял прислоненный к патриаршему месту архиерейский жезл и под смятенный шепот духовенства, к восторгу народа, занял свое место. В царском дворце, куда принес весть о неожиданном явлении Никона митрополит Ростовский и Ярославский Иона, со многими сановниками чуть не приключился удар. Сам Алексей Михайлович заволновался, ибо ничего о посланиях Зюзина не знал — тот думал хитростью царя и патриарха помирить. Немедля созвал государь бояр и, пока в Успенском соборе пели заутреню, отрядил людей узнать, чего ради и за каким делом святейший в Кремль пожаловал.
«Принес я мир и благословение великому государю, дому его царскому и всей своей пастве!» — отвечал Никон посланным. Они же, возвратившись, сказали о том великому государю.
И вновь, посовещавшись, послали светские власти и архиереи передать Никону совет: «Возвращайся–де в Воскресенский монастырь, не видя лица царского» (ибо царь боялся встречаться с Никоном). Передали патриарху повеление царево, а он говорит: «Хочу видеть лицо царское и благословить дом его!» Стали посланники укорять Никона, что неправедно, аки тать в нощи пришел и видеть ему царя невозможно, потому что великий государь призвал в Москву восточных патриархов и прежде пришествия их к Москве святейшего не примет. Тогда сильно осерчал Никон и говорит:
«Возвестите царскому величеству, что требую его видеть для нужных великих дел!»
Посланные же стояли упорно, отсылая Никона до приезда восточных патриархов, а клир Успенского собора продолжал утреннее пение. Еще не кончилась заутреня, как в третий раз пришли к Никону от царя и сказали: «Великий государь повелел тебе идти назад в Воскресенский монастырь!» Слышав такое повеление, встал Никон с престола, поклонился святым иконам и, взяв с собой посох Петра митрополита, сел в сани за воротами Кремля. Но прежде чем сесть, отряс он прах со своих ног с Христовыми словами:
— Где не приемлют вас — исходите из града того, и прах, прилипший к ногам вашим, отрясайте, свидетельствуя на него; сего ради и я прах, прилипший к ногам моим, отрясаю вам!
— Ничего, — сказал некий стрелецкий полковник, данный патриарху в стражи, — мы прах сей подметем!
— Разметет вас сия метла, — молвил Никон, указуя перстом на явившуюся в небесах комету, — что реет на небеси!
И затем поехал через Каменный мост в Никитские ворота, незадолго до рассвета. Сопровождали патриарха боярин Дмитрий Долгоруков и полковник со стрельцами. Когда выехали за ворота Земляного города, боярин велел остановиться и сказал:
— Государь царь и великий князь (с полным титулованием) велел у тебя, святейшего патриарха, благословения и прощения просить!
— Бог его простит, — ответствовал Никон, — если не от него смута сия!