Вера в великую миссию Российского царства не мешала Голицыну как политику видеть реальную расстановку сил в мире и правильно учитывать интересы конфессий. Основную часть служилых иноземцев в России составляли всех мастей протестанты, отношение к которым, как к в основном защищающейся в условиях контрреформации стороне, удобным союзникам на международной арене и хорошим торговым партнерам, было наиболее мягким. Еще в 1669 г. православное духовенство напрасно молило власти изничтожить две лютеранские кирхи, действовавшие в Архангельске в навигацию.
Двадцать лет спустя Голицын, дозволивший лютеранам построить кирху в самоей Москве, был удовлетворен вовремя поступившим от пасторов доносом и подшил к розыскному делу на новоявленных коммунистов заключение «экспертов»: лютеран Мейнке с Фагецием и кальвиниста Шондервурта. Оно гласило, что учение Кульмана со товарищи призвано «простых людей… в сатанинскую школу ввести». Но этого было мало. Должной критики сочинениям Кульмана и привезенным им книгам пасторы дать не смогли.
В политических планах Голицына с первых дней пребывания на посту канцлера важнейшее место занимали страны католические. Чтобы остановить наступление турок в Европе, мало было с огромным трудом создать Священную лигу непосредственно поставленных под угрозу государств: России, империи Габсбургов, Польши и Венеции, требовалось удержать Францию от агрессии на Рейне, против Испании и т. д. В сложном балансе сил номинальное главенство Римского папы над лигой с участием России воспринималось Голицыным не более чем разумный политический ход, против которого не возразил даже патриарх Иоаким.
Архипастыря не заботило содержание зарубежных отношений, даже если речь шла о православно–католическом крестовом походе. Но столь незначительная для политика уступка, как разрешение католического богослужения в Москве (пусть в храме, совместном с лютеранами), касалась прерогатив патриарха — следовательно, вызвала резкое противодействие Иоакима. К тому же Голицын в ходе дипломатических отношений с императором нечувствительно допустил в Москву иезуитов: сначала под посольским прикрытием, а в 1687 г. просто в качестве частных лиц (с рекомендациями от императора Леопольда), поселившихся в Немецкой слободе и открывших школу(!).
Это отнюдь не означало, что канцлер счел иезуитов друзьями, хотя во время аудиенций умел заставить представителей католиков и протестантов поверить, будто он крайне расположен к их государствам, конфессиям и даже культурным традициям. Резидентура Посольского и разведка Разрядного приказов исправно снабжали Голицына сведениями и документами о враждебных делах и планах иезуитов и происках их агентов. Однако аналогичная информация касалась всех политических противников и союзников России, независимо от конфессиональной окраски. Канцлер извлекал пользу из знаний о реальном положении вещей и противоречиях интересов международных партнеров. Даже дома, в Москве, наличие иезуитов создавало должный баланс с протестантами. В деле коммунистов именно ученые иезуиты заключили, что книга Кульмана «воистину есть злоплевелная и бунтующая… людей против веры истинной христианской. И есть нечто подобное пророчеству будущему об Антихристе» (то есть идеям староверов). Что же касается сочинения «Свет из тьмы» Яна Амоса Коменского: «такая книга у императора сожжена многажды на площади потому, что (она) бунтовная на государя своего под покровом веры».
В самую точку попали, однако, не иезуиты, а профессионалы Посольского приказа, которые констатировали: «Приезжий иноземец Кульман и московский Нордерман веру держат той ереси, именуемой квакеры, которых в Голландской и Английской землях и в иных тамошних местах множество, подобны здешним раскольникам, живут своеобычно и все имеют у себя обще, и никого не почитают, и пред монархами шляпы не снимают, и не только государями — но и господами их не именуют, и говорят, что начальствует над ними един Господь Бог, а они де, монархи, люди такие же, что и они, квакеры».
Итак, канцлер Голицын понимал, что столкнулся с разновидностью религиозного течения, практикующего «под покровом веры» народный «бунт» против власти и собственности. Подобное явление уже достигло опасной стадии в России второй половины XVII в., но гораздо ярче проявилось в революционных событиях на Западе, в особенности После казни короля в Англии. Московскому правительству, давно старавшемуся объединить европейских монархов в борьбе с революционной заразой, была хорошо известна роль сектантов в революциях и бунтах (вроде недавнего восстания Монмута в той же Англии).
Поскольку Немецкая слобода полностью находилась в юрисдикции Посольского приказа, канцлер имел право не привлекать к делу православное духовенство. Смертный приговор подследственным был вынесен без малейшего участия Русской православной церкви.
Отго Гении сумел принять яд в тюрьме. Квирин Кульман и Кондратий Нордерман 4 октября 1689 г. (уже после ссылки Голицына) были сожжены вместе с изъятыми у них сочинениями.