20 июня 1904 г. «Петербург», а 22 июня «Смоленск» под флагами Добровольного флота вышли из Севастополя. Благополучно пройдя Проливы и Суэцкий канал, они вошли в Красное море. Здесь пароходы подняли военно-морские флаги и начали установку артиллерии, спрятанной до этого в трюмах. Вспомогательным крейсерам (по классификации российского флота крейсерам 2-го ранга) ставилась задача останавливать в южной части Красного моря, в районе островов Джебель-эт-Таир (Таир), Зубейр (Зебеир) и Зукар (Цукур), грузовые суда и досматривать их на предмет наличия на борту военной контрабанды. Поиск, досмотр и задержание судов нейтральных государств предполагалось производить на основании данных, полученных из Главного морского штаба через специальных агентов, работу которых возглавлял контр-адмирал в отставке П.И. Пташинский.
В 10 ч. 15 мин. 30 июня у острова Малый Ханиш «Петербург» остановил английский пароход «Малакка». Для проверки документов на пароход сошла призовая партия. На борту «Малакки» была обнаружена военная контрабанда: около двухсот стальных плит, мостовые части, электрический кран, стальные валы, телеграфная проволока, машины, назначение которых в документах не указывалось, а также спирт, консервы, галеты, кислоты и прочий груз, отмеченный в документах как «разное». Груз был адресован в Кобе, Йокогаму и Моджи. В итоге пароход был арестован, и призовая партия решила отвести его в Либаву.
До 15 июля «Петербург» и «Смоленск» арестовали в Красном море еще три парохода с грузом военной контрабанды. Помимо этого 2 июля «Смоленском» был остановлен для осмотра германский пароход «Принц Генрих». Призовая партия изъяла с парохода всю почту, адресованную в Японию, и отпустила «Принца Генриха» по назначению.
7 июля английский посол в Петербурге передал российскому МИДу ноту британского правительства, в которой указывалось на незаконность захвата парохода «Малакка», якобы не имевшего на борту контрабандного груза. 10 июля в Петербурге состоялось совещание по поводу захвата этого парохода. До принятия решения арестованным пароходам было передано приказание оставаться в Суэце.
Одиннадцать министров и представителей правительства под председательством генерал-адмирала великого князя Алексея Александровича рассмотрели вопросы, связанные с проходом через Босфор и Дарданеллы русских вспомогательных крейсеров и задержанием ими в Красном море иностранных пароходов. Мнения участников совещания разделились. Министр иностранных дел Ламздорф предлагал освободить пароходы, и если приказ о прекращении крейсерства запоздает и аресты судов некоторое время будут продолжаться, то их, по мнению министра, не следует признавать. По вопросу прохода вспомогательными крейсерами черноморских проливов Ламздорф отметил необходимость решения вопроса о статусе Добровольного флота и заметил, что «не стоило коммерческие суда обращать на полпути в военные». В заключение он сообщил, что англичане не возражают против совместного осмотра «Малакки», однако если захваченные пароходы не будут освобождены, то разрыв дипломатических отношений между Англией и Россией неизбежен.
Ламздорфа поддержал министр финансов В.Н. Коковцев, считавший, что вопрос об использовании судов Добровольного флота в качестве крейсеров должен решаться в мирное время. Если же до начала боевых действий суда не были включены в списки военного флота, то в ходе войны допустимо их использовать только в качестве транспортов.
Военно-морское начальство отстаивало правомерность своих действий. Генерал-адмирал ссылался на аналогичный случай с пароходом Добровольного флота «Москва» во время боевых действий в Китае. В 1900 году, следуя на Дальний Восток, «Москва» также прошла черноморскими проливами и подняла военно-морской флаг в Красном море, но никакого протеста со стороны англичан, тогда союзников России, не последовало. Алексей Александрович отметил также, что решительность Великобритании объясняется принадлежностью «Малакки» к обществу «Peninsular and Oriental Stream Navigation Co» – самой влиятельной компании, «акционерами которой состоят почти все влиятельные в Англии лица, не исключая короля».
Великий князь Александр Михайлович сказал, что фактом освобождения арестованных пароходов Россия только признает неправомерность своих действий, а эти пароходы с грузом военной контрабанды все равно будут отправлены в Японию.
Профессор международного права подполковник И.А. Овчинников напомнил, что англичане вначале заявили об отсутствии на «Малакке» военного груза, а затем свели все свои претензии к тому, что суда Добровольного флота не имели права проходить Босфор и Дарданеллы. Овчинников справедливо полагал, что при положительном для России решении вопроса о правомочности прохода черноморских проливов «Петербургом» и «Смоленском» вопрос об освобождении арестованных судов отпадает сам собой.