Академию Полоцкий предполагал устроить не при типографии, а при Заиконоспасском монастыре. За счет царской казны должно было быть построено особое здание. По примеру Киево-Могилянской коллегии вновь создаваемая академия обеспечивалась значительным земельным имуществом, ей разрешалось принимать вклады и пожертвования. На содержание академии предполагалось дать монастыри: Заиконоспасский, Иоанна Богослова в Переяславле Рязанском, Андреевский и Даниловский в Москве, а также Вышегородскую дворцовую волость и десять пустошей в разных местах.
Показательно стремление Симеона сделать академию демократическим учреждением и включить в курс обучения как богословские, так и светские науки: грамматику, пиитику, риторику, диалектику, философию — умозрительную, естественную (то есть физику) и нравную (или ифику), и, конечно, языки: церковнославянский, греческий, польский и латинский. В академии молодых людей должно готовить как для церковной, так и в особенности для гражданской деятельности.
Государственное образование, столь решительно подчеркнутое Полоцким, выгодно отличало его проект от всех первых попыток создания высшего учебного заведения в Москве.
Особенно интересно, что в проекте указывалось на необходимость внимания к «учению правосудия духовного и мирского и прочим всем свободным наукам».
Для повышения роли академии предполагалось запретить вовсе держать домашних учителей иностранных языков, а всех детей посылать для обучения языкам только в академию: домашние учителя, особенно иностранцы и иноверцы, могли внушить своим ученикам что-либо противное православной вере.
Желая достойно вознаградить труд учителя, Симеон ввел в этот проект совершенно новые для русской жизни того времени требования и льготы. Так, за долговременную и ревностную службу учителя должны были получать от государства пенсию.
Разночинцы, не прошедшие курса «свободных наук» в академии, не допускались «в государственные чины, в стольники, стряпчие и другие».
Академия должна была строго следить за еретиками и бороться с ними неусыпно. Запрещалось неученым людям держать у себя дома «польские, латинские, немецкие, лютерские, кальвинские и прочие еретические книги», устраивать споры по этим книгам и хулить православную веру. В основу будущей академической библиотеки предполагалось положить собрание книг царя Федора Алексеевича. В нем было к тому времени около 300 книг на русском, латинском и польском языках. Более трети книг библиотеки Федора Алексеевича составляли книги светского содержания — «Степенная книга», «Книга родословия великих государей», «Учение и хитрость ратного строения», лечебники, певческие книги, чертежные книги на латинском языке. В его библиотеке хранились списки летописей и хронографов, исторических повестей и лексиконов, естественнонаучных книг, букварей, азбук, арифметик. Одним словом, это была разносторонняя по своему составу библиотека, вполне соответствующая уставу академического книгохранилища.
При жизни Полоцкого его мечта — увидеть в России высшее учебное заведение — не осуществилась. Молодому царю было не до того. Он продолжал болеть («скорбит ножками», как сказано в делах Аптекарского приказа — в медицинском заключении о его болезни), много времени тратил на богомолье, ходил по монастырям и церквам, вымаливая у бога себе здоровья. В одном из таких царских выездов, 19 мая 1679 года, Симеон сопровождал царя на Воробьевские горы. Пышно выезжал царь. Впереди бежали скороходы и приказывали всем встречным очистить дорогу. Люди прятались по ближайшим домам, а кто не успел этого сделать, падал на землю ниц и оставался так лежать до тех пор, пока царь и его свита не проедут. Впереди шли 18 красивых жеребцов в богатой сбруе, за ними ехал царь на статном коне. На царе была соболья шапка, верхний клин из золотой парчи, усыпанной алмазами, в руках у Федора — золоченый скипетр. За царем следовали ближние бояре — Воротынский, Голицын, Ромодановский, думный дьяк Семенов.
День был ветреный, прохладный. Золотились маковки Ново-Девичьего монастыря, вдалеке блестела макушка Ивана Великого. Царь прослушал службу в церкви села Воробьева и вернулся в Кремль.
Особенно успешно и много работал Симеон, когда царь уезжал на богомолье в Троице-Сергиеву лавру или Звенигород. Он обычно отсутствовал две-три недели, и Полоцкий тратил все время на завершение работы над «Рифмологионом».
Но тяжкие труды истощили силы монаха. Стали сдавать глаза — Симеону приходилось проверять печатные листы, готовить свои рукописи к набору, много читать. Все чаще и чаще он прерывал свою работу и долго лежал в темноте, дожидаясь, пока перестанут бродить красные круги перед глазами.