Церковные власти, «как козлы, пырскать стали» на Аввакума, а потом лопнуло терпение и самого царя Алексея Михайловича. У царя уже была договоренность с восточными патриархами о лишении Никона патриаршьего сана. Кому быть новым патриархом? Аввакум не мог оставаться в стороне от столь важного дела. И он составил челобитную, которая до нас не дошла. Как некогда Стефан Вонифатьев с ревнителями благочестия рекомендовали через царя патриарху Иосифу «кто в какие владыки годятся», так и теперь Аввакум перечислил людей, способных, по его мнению, занять патриарший престол. Что это были за люди, можно судить хотя бы по предложенному протопопом Никанору, будущему руководителю Соловецкого восстания.
Увы, времена царского послушания ушли вместе с его молодостью. Да и получить аудиенцию было нелегко. В своей первой челобитной Аввакум просил царя «наедине светоносное лицо твое зрети», но мы знаем только о том, что Алексей Михайлович принимал его вместе с другими, и о разговоре с глазу на глаз нет нигде и намека.
Аввакум всегда и всюду старался подчеркнуть непринужденность своих отношений с царем, в письмах называл его просто Михайловичем, а тут он сказался занемогшим и послал с челобитной к царю своего верного юродивого Федора.
Юродивый не стал раздумывать и ринулся к проезжавшему в карете царю напролом, расталкивая стражу. Царь протянул было руку, но в тесноте людской не достал письма. Стрельцы схватили Федора и посадили его в караульное помещение, что было под Красным крыльцом царского дворца. Обнаруженное при нем письмо все-таки попало к царю.
Федора отпустили, но вскоре он подошел к царю в церкви и «учал юродством шаловать», то есть кликушествовать, выкрикивая обвинения, которые слышал от Аввакума. Алексей Михайлович просто отослал Федора домой, но тот сказал Аввакуму, будто его зовет царь. Аввакум пришел и поклонился, царь тоже ему поклонился. Наступило неловкое молчанье. «Да так и разошлись; с тех мест и дружбы только: он на меня за письмо кручинен стал…» А юродивого царь велел отослать в Чудов монастырь, где его заковали в цепи…
Челобитная была подана 22 августа, и, видно, в ней Аввакум «наворчал» столько, что царь уже не мог стерпеть… Впрочем, именно в этот день архимандрит Чудова монастыря Павел был поставлен митрополитом сарским и подовским, а так как его резиденция была в Крутицком подворье, то по традиции он назывался крутицким митрополитом. Павел был знатоком польского и латинского языков и ярым приверженцем реформы. Жестокого и решительного, его не раз назначали местоблюстителем патриаршьего престола. Именно ему поручили готовить собор и осуждение Никона. Это могло означать только одно — царь решил покончить с шатаниями, и можно представить себе, какое впечатление на него произвело «моленейцо» Аввакума о смене иерархов.
Уже через неделю, 29 августа, Аввакума с семьей сослали на дальний Север, в заполярный город Пустозерск. Ехало всего двенадцать человек, а провожал их известный своей дерзостью сторож Благовещенского собора Андрей Самойлов. По дороге разболелись малые дети Аввакума, и с разрешения двинского воеводы князя Щербатова семья больше месяца прожила в Холмогорах. Недели с четыре пробыл у них и Самойлов. Вероятно, с ним Аввакум отправил царю письмо. Приближалась студеная пора, и он боялся, как бы нездоровые ребятишки не перемерли во время трудного пути, который предстояло проделать на оленях. Да и Настасья Марковна опять была на сносях.
Аввакум напомнил Алексею Михайловичу о прошлых своих мучениях, о том, что у него в Даурии умерло два малолетних сына, и просил оставить его в Холмогорах.
Это письмо 21 ноября отдал царю в Москве юродивый Киприан, один из духовных сыновей Аввакума.
Хлопотал за него и Неронов. Дьякон Федор тоже подал челобитную об освобождении Аввакума царскому духовнику Лукьяну, «и он в глаза бросил с яростию великою»…
Дьякона Федора арестовали. А следом суздальского попа Никиту Пустосвята и других. И всех выслали на Север. После чистки Москвы пришла очередь для карательных экспедиций в северные и восточные провинции государства. Полковник Лопухин схватил «лесных старцев». Воспитанника Сорбонны Вавилу сожгли. Лопухин прочесал Керженец и Среднее Поволжье. Севернее действовал полковник Артамон Матвеев…
Аввакум с семьей добрались только до Мезени да там и остались. Это было в декабре 1664 года. Мезенский воевода Алексей Христофорович Цехановицкий не мог отправить их дальше, в Пустозерский острог, так как местные крестьяне учинили бунт и отказались везти ссыльных и стражников. В январе 1665 года Аввакум писал царю: «А корму мне твоего, государева, из казны не идет, терплю всякую нужду… Не вели нас, двенатцети человек, поморить безгодною смертию с голоду и без одежды, и вели, государь, нам из своей государевой казны давать корм по своему государеву разсмотрению, хотя по алтыну в день на человека, чем бы нам в сих безхлебных странах быть сытым». О разрешении тратить казенные средства на прокорм семьи Аввакума просил и Цехановицкий.