21 июня Иннокентий въехал в Пензу. Была ясная погода. Народ стоял по обеим сторонам улиц, а около собора и в соборе была толпа. Все были встревожены болезненным видом нового архипастыря: лицо его было бледно от сильных страданий, и голос дрожал от слабости. По совершении молебствия преосвященный сказал слово о мире. Несмотря на болезнь, он не пропускал ни одного праздника и воскресенья без служения и проповеди. Поучения его производили неотразимое впечатление на паству, — он проповедывал со слезами. Совершая бескровную жертву, он одушевлялся новою жизнью, и особенно во время призывания на Дары Святого Духа. Со слезами падал он ниц, и, несмотря на тяжесть облачения для болезненного его тела, не позволял диаконам поддерживать себя. Он до того погружался при служении в молитву, что однажды, когда после херувимской случилось волнение между присутствующими, так как в том же архиерейском доме произошел пожар, — он ничего не заметил.
Труды по устроению епархии предстояли обширные; духовенство не было на должной высоте; необходимых удобств жизни не было; дом был, как "шалаш или плохой трактир", полы подымались при проходе по ним, стекла закопчены и составлены из битых кусочков, везде протекало; казенный лесничий завладел архиерейскою землею. Все надо было исправить и уяснить.
Быстро осмотрев городские церкви и побывав на испытаниях в семинарии, гимназии и духовном училище, преосвященный отправился по епархии. Его огорчила бедность церквей — в некоторых не было ни библии, ни книг, составляющих круг церковный. Риз по три-четыре, одна шелковая, остальные холщевые. Посещение Саратова произвело отрадное впечатление на архипастыря; в нем уже было 10 храмов. В соборе преосвященный Иннокентий сказал проповедь на текст: "Возвеличим Господа со мною и вознесем имя Его вкупе". "Когда я произнес — пишет он — к народу: "Возвеличим Господа со мною!" мне хотелось обнять всех и во едином союзе возвеличить беспредельно Великого; собрание было немалочисленно: собор, его крыльцо, притвор и окна наполнились зрителями".
На третий день по приезде в Саратов преосвященный окончательно изнемог и слег; чрез две недели, почти на смертном одре, он возвратился в Пензу, но не переставал заниматься делами епархии. Узнав, что комиссия духовных училищ вторично издает его "Церковную историю", он заботился об ее исправлении. Врач еле мог убедить его принимать лекарство. Взор больного был неотступно устремлен на Распятие. За неделю до кончины он передал тысячу рублей на содержание бедных учеников в уездном и приходском училищах в Пензе. "Кого благодарить?" спросили его. "Иисуса Христа", — отвечал он.
Между тем, он все слабел, не в силах был поднять и стакана с водою, но не оставлял пера до кончины. Погода ненастной поздней осени еще более усиливала страдание его. Казалось, что кожа от худобы присохла к костям его. Внешность Иннокентия, сиявшая спокойным духом, умилением и благоговением, походила на образ святителя Димитрия Ростовского.
"Не великое дело, — отвечал он, когда ему говорили о том, — иметь сходство по наружности. О, если б благодать Божия сподобила приблизиться к нему по духу".
Никто не слыхал от страдальца в его последнюю болезнь стона, и когда высказывали ему соболезнования, пресекал их, говоря кратко: "Так Богу угодно".
9 октября ночью он позвал келейника и сказал: "Какое дивное видение мне представилось! Казалось мне, что небеса отверзлись. Двое светлых юношей в белых одеждах, слетев с высоты, предстали предо мной и, с любовью смотря на меня, взяли меня, немощного, и вознесли с собою на небо. Сердце мое исполнилось несказанной радости, и я пробудился".
10 октября утром преосвященный просил особоровать его, и, напрягая последние силы, повторял молитвы и несколько подымался при помазании елеем. Потом язык стал неметь, дыхание прерываться, он крестообразно сложил руки на груди. Окружающие развели руки, чтобы не затруднялось дыхание, но он опять сложил их крестом.
Страдания длились до шести часов вечера, лицо было мирно. Один из окружающих стал читать псалмы; при словах 54 псалма "Аз к Богу воззвах и Господь услыша мя" — капли слез выкатились из глаз умирающего; а на словах: "Аз же, Господи, уповаю на Тя" — преосвященный Иннокентий вздохнул в последний раз и тихо предал дух Богу.
Он скончался 10 октября 1819 года, на 36-м году, пробыв в сане архиерея 7 месяцев и среди паствы своей 3 месяца.
Отпевал его предшественник его, живший в Пензе на покое, что всех поразило. При отпевании инспектор семинарии арх. Василий (впоследствии епископ Тобольский) произнес замечательную по силе чувства речь.
Вот отрывки из нее:
"Почто так рано, свет очей наших, почто так рано скрываешься от нас? Почто на самом восходе жизни твоей познаешь запад свой?..
Едва успели мы, а многие еще и не успели облобызать тебя первым целованием, и ты уже требуешь последнего.
Восстань, пастырь добрый, услыши вопль чад, призывающих тя; преклонись на рыдание сирот, проливающих благодарные слезы у ног твоих!