Духовник монастырский, узнав об этом сне, посоветовал Иоанну учиться грамоте, и дал ему псалтырь славянской печати. Под руководством одного грамотного мальчика Иоанн научился грамоте и немного письму. После печного послушания, Иоанн был переведен в трапезу, затем назначен экономом и в 1840 г. пострижен в мантию с именем Иоанникия. Незадолго до того, произошел новый случай исцеления им бесноватого, из дворян.
В сороковых годах началось возобновление древней и знаменитой Святогорской обители, упраздненной в 1788 году; о. Иоанникий был назначен туда экономом. Много пришлось понести трудов и скорбей о. Иоанникию при наблюдении за постройками, за которые он был ответствен; было нелегко согласовать распоряжения настоятеля с желаниями Потемкиных, главных устроителей и жертвователей монастыря. Под наблюдением эконома была воздвигнута гостиница, два братские корпуса, хлебный амбар и ледник. Приходилось, по тесноте места, отсекать часть меловой горы, у подошвы которой стоит обитель, устраивать каменные своды и подпорки. Кроме того, эконом расчистил и расширил двумя вновь выкопанными приделами древний пещерный храм, засыпанный с прошлого столетия землею и поросший лесом. Замечательно открытие этого храма. Пред упразднением монастыря, один из послушников, именем Михаил, заметил отверстие в земле, служившее входом во храм, и рассказал о том монахам, но до упразднения обители ничего не успели сделать. Этот послушник, поселившийся в окрестностях Святых гор, при возобновлении обители, вновь вступил в нее, уже столетним старцем, и пострижен с именем Мафусаила; он рассказал настоятелю о засыпанном храме, над местом которого духовник монастырский видал по ночам свет. Храм был открыт под руководством эконома Иоанникия, который собственноручно вырубил из цельного дикого камня престол.
В 1849 г. о. Иоанникий рукоположен во иеромонаха, и назначен духовником для богомольцев. Незадолго до того он подвергся тому же искушению, как целомудренный Иосиф, и, спасая себя, выпрыгнул, с опасностью для жизни, из высокого окна. Душа о. Иоанникия просила тишины и полного безмолвия. Он начал думать о затворе.
Та меловая гора, на которой стоит Святогорский монастырь, вся изрыта пещерными ходами, которые во время запустения монастыря во многих местах завалились, так что проход по ним был труден. Иоанникий просил у настоятеля позволения их очистить и расширить. В верхней части скалы было несколько тесных келлий; в одной из них, работая над очищением пещер, о. Иоанникий отдыхал и полюбил ее. Он вспомнил в ней свое далекое детство, рассказы товарища о затворничестве о. Серафима, свои первые мечты и стремления, и ему захотелось хоть теперь осуществить их. С разрешения настоятеля, он обложил келлию досками, сделал деревянные дверь и простенок, и стал проситься в затвор. Настоятель, зная крайнюю простоту Иоанникия и великие духовные опасности, которые представляет этот подвиг, — боясь, не делается ли это из обольщения, стал испытывать его. Он велел ему, иеромонаху, своими руками очищать нечистые места, ставил его на поклоны пред всею братиею в трапезной, нарочно налагая незаслуженные взыскания, отобрал от него крепкую одежду и дал изношенную, в заплатах — но кротко переносил подвижник испытание. Видя правильное его духовное устроение, настоятель велел ему для опыта войти в простую келлию, затворив ставнями окна. Тут по ночам о. Иоанникий чувствовал ужас, мешавший ему молиться. Тайно от настоятеля он перешел в пещерную келлию, и провел в ней четыре дня, испытывая великую радость. Тогда настоятель, дав Иоанникию малый запас хлеба и воды, запер его на ключ и поехал в Харьков, испросить разрешение преосв. Филарета, который принял в деле особое участие и советовал настоятелю, не взирая на ропот братии, осуждавшей Иоанникия за чрезвычайные подвиги, — не препятствовать его стремлениям. Условием пребывания о. Иоанникия в затворе было поставлено преосвященным — подчиняться надзору настоятеля и духовника и, по требованно их, оставить затвор.
Малая келлия, иссеченная в скале, где затворился о. Иоанникий, была не выше человеческого роста; освещалась она узкою пробуравленною чрез скалу скважиною. Воздух был холодный, сырой, производящей в теле лихорадочный озноб.