Имея особое чувство благоговения к преп. Сергию, он любил уединяться в его Лавру, где он был, по сану митрополита московского, настоятелем. В окрестностях ее он устроил Гефсиманский скит, где и находил время от времени успокоение душе, жаждавшей сосредоточенного уединения с Богом, но обреченной на разнообразие и волнения обширнейшей кипучей деятельности и постоянные сношения с людьми. Здесь он мечтал и быть схороненным.
Московский народ окружал митрополита величайшею любовью. Толпы народа ждали всякое его служение, благословения его, и он не спешно, вглядываясь во многих своим проницательным взором, осенял каждого крестным знаменем. Многие имели особую веру в силу этого благословения и молитв и видели над собою необыкновенные подтверждения этой веры.
Бесконечно милосерден он был к бедным, окружал самою теплою заботою своих родителей, и особенно мать, умершую в самых преклонных годах. Он поселил ее неподалеку от своего Троицкого подворья, покоил ее и почитал, и имел счастье наслаждаться в своих сложных занятиях ее бесхитростною привязанностью почти всю свою жизнь.
За год до кончины был торжественно отпразднован бесприметный юбилей 50-тилетия его архиерейского служения, и в бездне приветствий со всех концов России и из чужих краев помянуто все то значение, какое приобрел Филарет для русской Церкви.
Незадолго до кончины явился в видении митрополиту его отец, и сказал: "Береги 19-е число".
19 ноября 1867 г., в воскресный день, митрополит с особою бодростью и одушевлением совершал литургию в своей домашней церкви. Через несколько часов он безболезненно отошел в вечность.
Вся Москва сошлась на поклонение усопшему, который был перевезен в Троицкую Сергиевскую Лавру и схоронен в Церкви Св. Духа.
Много случаев доказали, как при жизни митрополита Филарета, так и по смерти его, ту помощь, какую духовная его сила оказывала людям. Вот несколько из них.
Девочка восьми лет была расслаблена и не могла ходить. Недалеко от их дома митрополит должен был служить, и мать больной решила везти ее на служение. Девочку внесли в церковь и посадили на стул, а, когда митрополит стал благословлять народ, — и ее поднесли на руках. Получив от него благословение, она могла встать на ноги, вышла с помощью других из церкви и вскоре совсем окрепла.
Другая крестьянская девица с 7 лет сделалась немою. Ей было 20 лет, когда родственники привели ее к митрополиту Филарету, находившемуся тогда в Гефсиманском скиту. Митрополит спросил немую, как ее зовут. Мать ответила за нее: "Марья". — Я не тебя спрашиваю, — заметил он, и опять повторил вопрос. Немая отвечала: "Марья". — Затем митрополит велел ей повторять за ним молитву Господню. В первый раз она повторила ее туго, во второй — совсем легко. И с тех пор говорила свободно.
Г-жа Б. страдала ногами и два года не могла ходить. Она хотела просить митрополита Филарета помолиться за нее и приказала везти себя на Троицкое подворье. В покои митрополита ее внесли на простынях. Выслушав ее просьбу, митрополит сказал ей: "И вы молитесь со мною". Он взял икону и медленно стал ею благословлять больную. В то же время она почувствовала крепость в ногах и встала. С лестницы она сошла без помощи, твердою поступью, к изумлению сопровождавшей ее прислуги.
Дочь московского купца Е. в 1850 г. страдала сильным ревматизмом всего тела; никакие врачи ей не помогали; даже лежать она не могла, а все сидела. В ночь на 3-е марта мать больной видела во сне митрополита Филарета молящимся над ее дочерью. Она отправилась на Троицкое подворье и просила митрополита помолиться за дочь. Через три часа больная, которой мать рассказала о посещении митрополита, почувствовала себя лучше; в первый раз после трех недель легла и уснула, спала более полусуток. Она видела во сне митрополита, благословлявшего ее, и на утро встала, сама прочла утренние молитвы, и вскоре совсем оправилась.
16 октября 1849 г. митрополит исцелил 4-х летнюю дочь купца Е., ничего не говорившую и все плакавшую. Она прочла ему молитву "Богородице Дево радуйся" и выздоровела.
Одна женщина, у которой муж пил запоем, ходила к митрополиту просить его, чтоб он помолился за ее мужа, но она не была допущена прислугой. Ей посоветовали тогда объяснить свою просьбу, подходя в церкви под его благословение. Так она сделала, и муж ее вскоре перестал пить.
Известный писатель по истории Русской Церкви, граф М. В. Толстой, будучи болен тяжкою болезнью, видел во сне митрополита Филарета. Митрополит исчислял ему разные его забытые им грехи, разъяснял неясные обстоятельства жизни, напомнил, что недавно он проезжал чрез один древний город, не поклонившись почивающим в нем святым: "ты не почтил их, а они о нас молятся". Затем прибавил, что он не умрет от этой болезни. Жена графа отправилась к митрополиту, и привезла от него икону Спасителя. Больной с этого дня стал поправляться. И именно с этих пор занялся описанием жизни святых и мест, ими прославленных, — труды, которыми он принес много пользы.