У нее были заведены мастерские, и из ее монастыря стали выходить первые дешевые и порядочно написанные иконы. В обращении с сестрами, как настоятельница, она была очень строга. К родным сестры отпускались только раз в год; принимать родственников в келлии запрещалось, кроме сыновей и отцов. Монахини веровали в благодатную силу, поддерживавшую матушку, и одна сестра была ею исцелена. Молодых игумения приголубливала и возила в город к святыням.
Многим людям помогала она, помещала сирот в институты и корпуса, посылала им гостинцы, призрела много стариков. Великое всегда имела мать Феофания попечение о поминовении усопших. В подвигах благотворения действовала она заодно с матерью Варсонофиею, которая скучала, когда ей некому бывало помочь. Они часто подавали, таясь друг от друга. В монастырь принимала игуменья и грешных женщин, и в ответ на укоризны тому, отвечала, что первый вошел в царствие небесное разбойник и что монастырь есть место покаяния. Подозрительность и сомнение в добрых намерениях людей не были в характере старицы. Не видя иную сестру в церкви, игумения шла в ее келлию и отправляла ее. Незадолго до смерти, в виду наплыва монахинь, она выстроила новый корпус.
До смерти мать Феофания пользовалась особым уважением членов царствующего дома.
Являясь в мир, мать Феофания не делала ему ни малейшей уступки и несла за собою ту же строгую атмосферу духовности. Ее видели не иначе, как сосредоточенной, смиренной и бедно одетой, как была она и в стенах монастыря.
Когда монастырь был окончательно устроен, мать Феофания совершила назначение свое на земле и жила недолго. Вместе с нею заболела и мать Варсонофия, которая умоляла Бога взять ее раньше игумении, чтобы та могла помолиться за нее. Перед смертью она взглянула с улыбкой на мать Феофанию и тихо уснула.
Доктор, вызванный к игумении, объявил, что, если она не будет плакать, то безнадежна; и на первой панихиде слезы полились из ее доселе воспаленных и сухих глаз. При последнем целовании Феофания произнесла: "Прости, моя родная. Благодарю тебя за любовь ко мне. Твое желание исполнилось. Прости!" И затем, поклонясь в ноги сестрам, благодарила их за любовь к усопшей. После отпевания, созвав сестер в свою келлию, она подняла над коленопреклоненными монахинями икону "Отрада и Утешение" и сказала: "Вручаю всех вас и святую обитель Пресвятой Богородице. Да оградит она вас от всякого зла! Молитесь Ей. Она ваша Заступница". Затем, указывая на скорое свое отшествие, Феофания поучала сестер подчинению и хранению обетов, благодарности благодетелям, надежде на Бога.
Мать Феофания перешла жить в келлию матери Варсонофии; часто слезы струями катились по ее лицу, но ни жалобы, ни стона никто не слыхал от нее. С великим усердием совершала она сорокоуст, говоря, что не умрет до истечения его. В последние дни жизни игумения, благодаря неизвестным благотворителям, могла заключить условие на позолоту всех пяти соборных куполов, чего она давно жаждала.
В последней болезни своей, продолжавшейся десять дней, терпеливо вынося страдания, мать Феофания всех благословила, со всеми простилась. Она предсказала день своей смерти. За три дня до конца, призвав сестер, она снова осенила их иконою "Отрада и Утешение" и твердым голосом сказала: "Поручаю вас милости и заступленно Царицы Небесной. Она да будет всегда вашею покровительницею! Сестры, молите Господа, чтоб наша обитель стояла до скончания века твердо и нерушимо!" Несколько выдающихся архипастырей посетили в эти дни мать Феофанию, а московский митрополит Филарет прислал ей икону. За два дня до смерти она поручила келейнице четыре свечи, чтоб поставить за нее, когда все кончится. Другим двум сестрам поручила выполнить данный ею обет — съездить в Киев, который не могла совершить по болезни матери Варсонофии. Последнею молитвою, слышанною ею, был акафист Пресвятой Богородице. Она скончалась 16 мая 1866 года в 3 часа пополудни, в Духов день, на восьмидесятом году.
При торжественном ее отпевании было читано архиереем ее духовное завещание, в котором, между прочим сказано:
"Един Господь ведает, каких трудов и попечений стоило мне, грешной, основать и поддерживать святую обитель в желаемом благоустройств ее, вначале на Васильевском острове, а впоследствии на этом месте. Но во всем, имея твердое упование мое на милость Царя Небесного и Царицу мою Пресвятую Богородицу, ощущала я, недостойная и немощная, великую и всесильную помощь и укрепление, в особенности, что относилось к пользе и благопоспешению возлюбленных сестер моих о Господе. Их стремление к благочестной жизни, усердные труды и беспрекословное святое послушание поддерживали и утешали меня во все время пребывания моего с ними. Да воздаст им Господь Бог Своим небесным воздаянием! Неисчислимые ко мне милости Августейшего Дома, архипастырей наших и всех благотворителей святой обители поселяли во мне постоянные чувства истинного к ним благоговения и истиннейшей благодарности. С такими чувствами оканчиваю последние дни мои, умоляя Вседетеля, да наградит их всех, по велицей Своей милости.