— Кто не уповает на Промысл Божий, — отвечал о. Исаия, — тот живет в самонадеянности и самовосхвалении, и о нем давно сказано: "Рече безумец в сердце своем — несть Бог!"
После этого разговора русским монахам было велено немедленно оставить Вену.
По прибытии в Россию, и пройдя чрез ряд неожиданных затруднений, вследствие пострижения своего на Афоне, о. Исаия поселился в Коневском монастыре.
Пожив там год, он удалился в уединенную келлию, находившуюся в расстоянии двух верст от монастыря. Только раз в неделю приходил он в монастырь, именно в субботу, чтоб быть в церкви при совершении воскресной службы.
Он имел от Бога особые откровения; так однажды, во время литургии, он видел, что воздух как бы сгущается, и в полусумраке видны блестящие звезды, опускающиеся на головы некоторым присутствующим. И тут же послышался ему голос: "На кого эти звезды садятся: те достойно приобщаются Св. Христовых Таин".
Вследствие недоброжелательства настоятеля, о. Исаия должен был покинуть Коневец, и избрал себе пустынное место, удаленное от селений, затерявшееся среди густых лесов: Задне-Никифоровскую пустынь Олонецкой губернии.
Пустынь эта находится в ста верстах от Петрозаводска, в 11 от почтовой дороги. В ней были тогда две ветхие деревянные церкви, деревянная часовня над мощами преп. Никифора и Геннадия Важеозерских, две небольшие келлии и кухня. Земли было мало и для обработки неудобная.
О. Исаия установил в пустыни общежитие, которое соблюдать строго требовал. Так как братии было мало, и в числе ее не было иеромонаха, то некоторое время призывали сельского священника, пока брат о. Исаии Феодот не был рукоположен во священника.
Богослужение было заведено истовое, неспешное. Вся братия должна была без исключения ходить в церковь. Монастырские работы все исполняла братия. О. Исаия, несмотря на свою старость, трудился вместе с прочими — рубил дрова, носил воду, хлопотал на поварне, летом работал в огороде, косил сено. Все это возбуждало трудолюбие братии.
Но еще более незаменимым, чем в заботах о внешнем благоустройстве монастыря, был о. Исаия, как руководитель духовной жизни иноков. О силе его влияния можно судить, например, по тому, что двое монахов, магистров богословия, имевших случай познакомиться с о. Исаией в Коневце, через год просили митрополита отпустить их в Задне-Никифоровскую пустынь к о. Исаии.
Через десять лет по поступлении о. Исаии, число братии дошло до 15 человек.
Несмотря на упадок сил, о. Исаия вел ту же подвижническую жизнь. Его келлия была вроде землянки и неудобна для жилья. Но он не соглашался перейти в лучшую келлию, и говорил, что если земная жизнь не вечная, то зачем заботиться об ее удобствах?
Он продолжал выходить на монастырские работы. Всегда, и на работах и в келлии, он поучал учеников, и неотразимо действовали эти поучения от сердца, полного любви и смирения.
Эта добродетель особенно была высока в нем. Свои дела он называл ничтожеством, надежду спасения возлагал на заслуги Искупителя, о страданиях Которого говорил всегда с горячими слезами.
О гордости он отзывался так: "Я, да свинья, да третий сатана: свинья по безумству, сатана по гордости — вот товарищи гордых".
Со всеми обращался старец, как простой монах, не давая замечать своего преимущества, а между тем невольно привлекая к себе сердца.
Это смирение доставляло ему духовные дары и видения. Он открыл однажды следующее монаху, который спрашивал его, верно ли, что некоторые благочестивые люди еще при жизни видят свои души.
— Однажды, когда я сидел в своей келлии, ум мой занят был богомыслием, а из глаз текли слезы. Вдруг я пришел в какое-то исступление, душа моя увидела невещественный свет, и в то же время увидела самое себя как бы составленною из света, а тело мертвым, и она как бы уже вышла из этого тела.
В 1846 г. обер-прокурор Синода, много наслышавшись об о. Исаии, вызвал его в Петербург. Здесь многие искали знакомства с о. Исаиею и удивлялись его непритязательной мудрости.
Известный путешественник по святым местам, Норов, показывая ему свою библиотеку, сказал: "Вот, старец, я занимаюсь переводом полезных книг с иностранных языков на русский язык".
— А читаете ли вы, — отвечал ему о. Исаия, — "свою-то" книгу, которую более других нужно прочитывать?
Норов, подумав, заметил на это:
— Со сколькими духовными лицами мне случалось беседовать, а никто из них мне не сказал этого, — простой старец напомнил о дорогой и весьма важной вещи.
В другой раз, находясь между разными влиятельными лицами, о. Исаия спросил:
— Не знаю, отчего вы так усердно со мною беседуете, тогда как я и говорить-то по вашему не умею.
Ответом было следующее:
— К нам приходят ученые и важные лица, но мы видим, что большая часть из них старается или нам угодить, или себя выказать с отменной стороны; в тебе же ничего такого не заметно. Мы видим в тебе одно смиренное и доброжелательное простосердечие, а потому охотно беседуем с тобою и находим себе в этом пользу.