Труден был пустыннический подвиг Корнилия. Бесы преследовали его и наводили на него злых людей. Раз разбойники вооружились на него, но смотрением Божиим преподобный был спасен, а погиб начальник шайки. В другой раз воры унесли его книги; всю ночь проблуждали они в лесу, а к утру очутились опять у кельи преподобного и с покаянием возвратили ему книги. Святой же возблагодарил Бога и вознес за них молитву. Наконец через 20 лет стала собираться к нему братия, быстро умножалась, и была сооружена обитель с двумя церквами — в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы и в честь прп. Антония Великого, которого особенно чтил святой старец. Братские кельи окружили церкви. Престарелый настоятель, не щадя своих сил, трудился наравне с братией над созданием новой обители. Раз огромное тяжелое дерево придавило его; в другой раз он упал с обрыва в пропасть, и все отчаялись уже было в его жизни.
Однажды, когда он собирал дрова в лесу, хворост вокруг него загорелся, но поднялся сильный ветер и расчистил ему дорогу — и старец вышел из огня невредимым. Господь, видимо, хранил своего избранника. Когда же обитель была создана, прп. Корнилий ввел в ней строгий общежительный устав, столь совершенный, что много обителей возникло из его монастыря, а опытные его ученики стали в свою очередь наставниками собранной ими братии.
Для церковного порядка он учредил эклезиарха, а для хозяйства — келаря, распределил порядок утренних и вечерних служб, — сам наблюдал за братией, прерывая несвоевременные беседы стуком в окно. Правила святых отцов соблюдались строго: все должны были трудиться с молитвой Иисусовой на устах, трезвясь сердцем, в строгом безмолвии. Был введен
Как твердо прп. Корнилий приучил братию к хранению святоотеческих уставов, показывает тот случай, когда старший хлебопекарь испек хлеб, не взяв благословения: преподобный велел эти хлеба выбросить, чтобы дать братии уразуметь важность благословения. Свои же нанесенные ему обиды преподобный прощал легко и никогда о них не вспоминал: так, например, двое из братий по вражьему наваждению хотели убить его. Они знали, что он выходит на работу один, и поджидали его у моста через реку Нурму. Но когда он вышел, им показалось, что он окружен толпой народа. От страха они скрылись, но все-таки решили остаться ждать его возвращения. Повторилось то же самое. Тогда согрешившие уразумели перст Божий и свое падение от чистого сердца, он же не только простил их, но никогда ни в чем не отличал их от прочих братий. По данному ему от Бога дару прозорливости он знал состояние души каждого, но открыто никогда не обличал никого, а говорил как бы о себе самом.
Лишь на добровольно кающихся налагал епитимьи с кротостью — для облегчения их совести. Был дарован ему от Господа и дар чудотворения: только взглянув на больную руку инока Иова, только коснувшись раны израненного разбойниками инока Корнилия, он исцелял их. За версту до монастыря преподобный поставил крест: здесь прохожие полагали милостыню, а болящие, не заходя в обитель, заочно получали исцеление по молитвам прозорливого старца. Но раз находящийся здесь на послушании брат стал злоупотреблять милостыней. Обличен он был неожиданно: невидимая сила не допускала его при братии в церкви приложиться к иконе Пресвятой Богородицы, и он должен был принести покаяние.
Прп. Корнилий был великий раздаятель милостыни: когда страну Вологодскую постиг страшный голод, он раздал даром все монастырские запасы, не обращая внимания на то, что многие приходили за милостыней по нескольку раз. Детей же, брошенных родителями, он брал в монастырскую богадельню. И вот в ночь перед празднованием своей памяти (17 янв.) ему явился прп. Антоний Великий и, указывая на горы просфор и калачей, покрывавших большое поле, сказал ему: «Вот твое подаяние нищим, собери его к себе в полы» — и сам стал помогать ему. Прп. Корнилий проснулся со слезами радости. После этого видения он заповедал и по смерти своей всегда подавать нищим.