В 1780 г. Прохор тяжко заболел; через три года явилась ему Пресвятая Богородица со свв. апостолами Петром и Иоанном и, указав на него перстом, сказала: «Сей нашего рода», причем положила на голову его руку, и сейчас же в боку его образовалось отверстие, из которого стал течь гной. Когда на месте кельи Прохора стали воздвигать больничную церковь во имя Преображения Господня, с приделом во имя прпп. Зосимы и Савватия Соловецких, то настоятель, ничего не знавший о чудесном явлении, бывшем Прохору, и исцелении его, назначил его сборщиком. Молодой послушник уже тогда обладал даром прозорливости. Посетив родной город Курск, где он не застал уже мать свою в живых, он предсказал брату своему, что как только тот услышит о его смерти, то и сам должен готовиться к преставлению, что и сбылось в 1833 г. На обратном пути он в одном месте в Муромских лесах воздвиг крест и предсказал, что здесь будет женская обитель — ею стала
После этого он еще более погрузился в безмолвие. Лишь к утру возвращался он в монастырь, проводя каждую ночь в лесу, в устроенной для него пустынной келье. Когда в том же году, 2 сентября, о. Серафим был рукоположен в сан иеромонаха, скончался о. Пахомий и перед кончиной благословил его на подвиг пустынножительства. Благословил его и новый настоятель — о. Исаия. Тогда о. Серафим оставил монастырь. Он поселился в 5—6 верстах от него, в дремучем лесу на возвышенности, на берегу реки Са-ровки. Келья его состояла из одной комнаты с печкой. Рядом с ней он устроил огород и пчельник, обнес все оградой и назвал свой скит Горой Афонской, а другим уединенным местам давал евангельские имена: Иерусалим, Голгофа, Поток Кедронский и т. п., причем, посещая их, читал там соответствующие места из Священного Писания. Он носил белое полукафтанье, камилавку, кожаные чулки, лапти и рукавицы. На груди его висел железный крест, а за плечами сумка со Святым Евангелием. Летом он готовил дрова на зиму, возделывал огород и собирал для удобрения мох в болоте. Причем входил туда полуобнаженным, отдавая тело свое на съедение комарам. «Страсти, — говорил он впоследствии, — истребляются страданиями или произвольными, или посылаемыми Промыслом».