Преподобный Афанасий был местно признан святым весьма скоро после своей кончины, в 1658 г., 5 января. Иннокентий Гизель, архимандрит Киево–Печерский, с Иосифом Нелюбович–Тукальским (с 1664 г. митрополит Киевский) в письме к царю Алексею Михайловичу говорят, что тело Афанасия «откровенно бывши, и доселе, дивну Богу во святых Своих, в Бресте пребывает нетленно». В 1666 г. в Бресте было составлено на польском языке житие, в котором Афанасий называется «святым и преподобномучеником». Мощи его покоились сначала в медной раке, но 1816 г., 8 ноября, сгорели вместе с деревянной церковью св. Симеона Столпника; остались лишь обоженные частицы, которые в присутствии молящихся были уложены на оловянном блюде и помещены в Благовещенской церкви монастыря. В 1823 г. для частиц мощей была устроена рака и они поставлены открыто для всенародного чествования. В 1824 г. монастырь был упразднен, его церковь обращена в приходскую и святые мощи помещались в крепостном Николаевском соборе; по сооружении же в городе Симеоновского каменного собора в 1865 г. сюда были перенесены останки преподобного, где и пребывали.
Память св. Афанасия, как мученика за веру, на Юго–Западе Руси была настолько живуча и сильна, что не нуждалась ни в каких внешних уверениях и свидетельствах. Поэтому до нас не сохранилось записей его чудес вплоть до середины XIX века. Под 14 ноября 1856 г. в местных записях отмечается следующее знамение Божие от мощей св. Афанасия. Помещик Владимирской губернии Николай Александрович Поливанов, возвращаясь из–за границы, должен был задержаться в Бресте вследствие тяжелой болезни десятилетнего сына Александра. Болезнь развивалась быстро и не оставалось никаких надежд на выздоровление отрока. Пригласив местного священника для напутствия сына Святыми Тайнами, отец стал горько скорбеть, что здесь нет святыни, как в центре России, чтобы можно было прибегнуть к ней с горячей мольбой об исцелении ребенка. Священник ему сказал, что в Бресте имеется святыня — мощи прп. Афанасия, и Поливанов стал просить привезти ковчег с мощами, отправить при больном молебствие и приложить его к ним. Благочестивое желание отца было исполнено, и как только ковчег с частицами мощей прикоснулся к Александру, страдания болящего тотчас же прекратились и он, вопреки ожиданиям врачей, вскоре совершенно выздоровел. 15 августа 1857 г. благодарный отец прислал в Брест серебряную с позолотой раку весом тринадцать с половиной фунтов, в которую и были торжественно переложены мощи св. Афанасия.
Под 14 мая 1860 г. записано следующее чудо от святых останков преподобного. Местный протоиерей Василий Соловьевич страдал грыжей, так что у него стали выходить наружу внутренности; доктора советовали больному сделать довольно тяжелую операцию, но он не согласился и стал готовиться к смерти; исповедавшись, он пожелал перед приобщением Святых Таин отслужить молебен св. Афанасию, которого он весьма почитал; во время молебна внутренности его вошли на свое место; больной, к полному удивлению врачей, совершенно оправился и не испытывал больше приступов боли.
Сентябрь 7