Пятьдесят шесть лет подвизался преподобный Антоний в иноческом образе и, будучи уже глубоким старцем, приблизился к блаженной кончине, встретить которую Промысл Божий судил ему вне стен родной обители. В 1611 году шведы вторглись в пределы Новгорода и начали опустошать его окрестности. Тогда митрополит Новгородский Исидор (1603–1619), чтобы уберечь уважаемого старца от опасности, вызвал преподобного Антония с несколькими учениками к себе в Новгород. Здесь престарелый подвижник заболел и, чувствуя приближение своей смерти, стал с радостью готовиться к ней. В день Воздвижения Честного Креста Господня старец приобщился Святых Христовых Таин и преподал последнее благословение окружавшим его смертный одр. Затем он велел позвать к себе Корнилия, пономаря церкви святого евангелиста Луки, и обратился к нему с такими словами: «Брат Корнилий! пусть будет тебе знамение, чтобы мне быть положенным в созданном мною монастыре благолепного Преображения».
В этот же день, 14 сентября, прп. Антоний мирно почил на 86–м году от рождения. Время кончины святого старца относится к 1611, 1612 или 1613 г.
Торжественное погребение блаженного старца совершил Новгородский митрополит. Трудолюбное тело преподобного было положено близ алтаря Новгородской церкви во имя святого евангелиста Луки на Рядитине улице. Место своего погребения преподобный Антоний избрал сам, так как нашествие шведов отрезало доступ к Леохновской обители.
По удалении шведов из пределов Новгородских скитавшиеся по лесам жители начали возвращаться на покинутые места. На место Леохновской обители первым пришел Григорий, любимый ученик преподобного Антония, который убежал из нее при нападении шведов и затем укрывался в лесу. На месте обители он нашел лишь пепелище да непогребенные тела убитых братий — враги не пощадили скромной обители преподобного Антония: убогое строение монастырское предали огню, а не успевших скрыться иноков — смерти. Со слезами похоронив тела убиенных, Григорий поставил на родном пепелище маленькую келлию, а близ нее часовню в честь Преображения Господня. Подвизаясь в пустыне, инок молил Господа, чтобы вновь возродилась уничтоженная врагами обитель. Так прошло несколько лет, и вот однажды преподобный Антоний является ученику своему во сне и говорит: «Брат Григорий, пойди в Новгород, скажи митрополиту Киприану и старейшинам города, чтобы положили меня на месте моей обители».
Григорий не обратил внимание на явление, приняв его за обыкновенный сон, хотя оно и повторилось. Наконец преподобный Антоний явился своему ученику в третий раз и, испуская огненные лучи, сказал: «Если не исполнишь слов моих, явлюсь в другом месте; ты же погибнешь».
Грозное явление угодника Божия так сильно поразило Григория, что он долго пролежал как мертвый, без сознания. Придя в себя, он сейчас же отправился в Новгород, где и передал митрополиту и старейшинам города о повелении преподобного Антония. Тогда митрополит Киприан (1626–1634) с крестным ходом, при большом стечении молящихся, пошел ко храму святого евангелиста Луки, близ которого находилась могила преподобного Антония. Когда ее раскопали и, вынув гроб, сняли с него крышку, то тело угодника Божия оказалось нетленным. Среди множества теснившегося народа находился слепец Иосиф, уже три года не видевший света. Молитвами преподобного Антония Иосиф тут же прозрел. По распоряжению Новгородского митрополита мощи чудотворца на место его подвигов сопровождали с молебным пением настоятели Новгородских монастырей во главе с архимандритом Юрьевской обители Дионисием; множество народа следовало за мощами. На пути в Леохново, когда честные мощи несли близ Аркажского монастыря, совершилось новое чудо — прозрел другой слепец, по имени Стефан. С благословением положены были святые мощи преподобного Антония на том месте, где он подвизался более 50 лет
В скором времени после перенесения мощей преподобного Антония его разоренная обитель была восстановлена, но затем скудость содержания прекратила ее самостоятельное существование: монастырь стал приписным, а в 1764 г. был окончательно упразднен, причем два монастырских храма обращены в приходские церкви.