Блаженная кончина его последовала по всей вероятности в 1114 г. Таким образом, если положим, что блж. Нестор поступил в обитель только за год до кончины прп. Феодосия († 1074 г.), тогда окажется, что он провел в Печерской обители 41 год, а умер 58 лет. Поликарп уже около 1226 г. писал архимандриту Акиндину: «Если повелит твое преподобие, напишем для пользы тех, которые будут жить после нас, — по тому примеру, как блж. Нестор писал в летописе о преподобных отцах Дамиане, Иеремии, Матфее и Исааке». Ясно, что Нестора уже чтили тогда как мужа святой жизни. В рукописных святцах читаем: «Преподобный Нестор Летописец преставился октября в 27–й день». Мощи прп. Нестора Летописца почивают нетленными в пещере Антония.
Прп. Нестор глубоко ценил истинное знание, соединенное со смирением и покаянием. «Великая бывает польза от учения книжного, — говорил он, — книги наказуют и учат нас пути к покаянию, ибо от книжных слов обретаем мудрость и воздержание. В книгах непечатная глубина, ими утешаемся в печали, они узда воздержания. Если прилежно поищешь мудрости, то приобретешь великую пользу для своей души. Ибо тот, кто читает книги, беседует с Богом или святыми мужами».
Первое из его сочинении по времени было житие святых князей Бориса и Глеба, «чтение на пользу повиновения младших старшим». Оно писано с живым, благочестивым чувством, человеком, в котором проницательность ума и без пособия свидетелей угадывает историческую истину. Самая лучшая страница в этом сочинении — это начало повести, где после молитвы о просвещении сердца его говорит он о сотворении человека, о падении его, о распространении на земле идолопоклонства, о явлении Сына Божия на земле, о распространении Евангелия в мире и в России. «Между тем, как повсюду умножались христиане и идольские жертвенники были упраздняемы, страна Русская оставалась в прежней прелести идольской, потому что не слышала ни от кого слов о Господе нашем Иисусе Христе; не приходили к ним апостолы и никто не проповедовал им слова Божия».
В 80–х годах преподобный Нестор составил житие преподобного Феодосия Печерского. Это сочинение есть образец превосходного жизнеописания и по духу, и по слогу, и по изложению, есть драгоценнейший памятник нашей древней письменности. Преподобный в начале и в конце его говорит, что благоговейная любовь к преподобному Феодосию управляла им в этом занятии. И точно, все говорит в этом сочинении, что оно написано любовью святою. Сочинение писано с целью, «чтобы будущие после нас черноризцы, читая житие его и увидев доблести мужа, прославили Бога, прославили и угодника Его и укрепились на подвиг, особенно тем, что в сей стране явился такой муж и угодник Божий». Несторово житие прп. Феодосия во все века служило самым назидательным чтением и для иноков, и для всех православных христиан. Оно драгоценно и для науки, как один из древнейших и самых достоверных источников истории.
Главным подвигом жизни преподобного Нестора было составление к 1112–1113 годам «Повести временных лет». «Се повести временных лет, откуда есть пошла земля Русская, кто в Киеве нача первее княжити и откуда Русская земля стала есть» — так с первых строк определил цель своего труда преподобный Нестор. Летопись прп. Нестора писана столько же красноречиво, с одушевлением истинного благочестия, сколько с осмотрительностью, которая весьма дорожит правдой. О древних временах говорит она кратко, слухи и известия подвергает проверке. Необычайно широкий круг источников — предшествующие русские летописные своды и сказания, монастырские записи, византийские хроники Иоанна Малалы и Георгия Амартола, различные исторические сборники, рассказы 90–летнего старца–боярина Яна Вышатича, торговцев, воинов, путешественников, осмысленных с единой, строго церковной точки зрения, — позволил преподобному Нестору написать историю Руси как составную часть всемирной истории, истории спасения человеческого рода.