Между тем распространился слух о подвигах пустынника, и окрестные жители стали стекаться к нему, прося молитв и наставлений. Тяжела была смиренному подвижнику слава от людей; он не хотел и боялся ее. Поэтому убегая от людского прославления, Никон оставил свое уединение и отправился снова в Псков в монастырь, основанный преподобным Саввой Крыпецким. Игумен, видя его телесную немощь, не сразу согласился принять его, опасаясь, что трудности монашеской жизни будут ему не по силам. Тогда Никон, припав к раке преподобного Саввы, стал, как живого, умолять его взять в свою обитель. Игумен смягчился и постриг Никона с именем Никандр.
С новой силой устремился преподобный на подвиги — всего себя предал Богу, совершенно отказался от своей воли и повинился во всем воле игумена и братии. Постоянно укреплял он себя такими благочестивыми размышлениями: «Пшеничному полю подобно иноческое житие, оно требует частого дождя слезного и великого трудолюбия. Если хочешь принести обильный плод, а не терние, то трезвись умом и трудись; старайся быть доброй землей, а не каменистой почвой, чтобы всеянное свыше в сердце твое могло принести плоды, чтобы не изсыхало оно от зноя и уныния и небрежения».
Время, свободное от молитвы, преподобный Никандр проводил в рукоделии. Игумен и братия удивлялись подвижнику, его благонравию, смирению и покорности, бодрости и крепости в подвигах и прославляли Бога. Между тем преподобный Никандр, снова убегая людской славы и тоскуя о прежней отшельнической жизни, отправился в свою пустыню и прожил там несколько лет. В дикой пустыни самая жизнь подвижника нередко подвергалась опасности. Так, однажды разбойники напали на убогую хижину святого, отобрали скудные пожитки отшельника, отняли у него и последнее утешение — святые иконы и книги, а самого его сильно ранили в ребра копьем и оставили еле живым. По молитвам святого двое из них, устрашившись внезапной смертью своего товарища, раскаялись в своих злодеяниях и получили прощение старца.
Но преподобный не столько боялся разбойников, сколько похвалы людской. Посему снова оставил он пустыню и во второй раз отправился в Крыпецкий монастырь, где ранее принял монашество. Прибыв в обитель, святой продолжал свою строгую подвижническую жизнь. Дивясь его подвигам, братия поставила его в пономари. Кроме того, на святого было возложено трудное и тяжелое послушание печь просфоры. Но преподобный Никандр с радостью стал исполнять эту работу, размышляя: «Если Господь наш Иисус Христос назвал Своим Телом хлеб, приготовленный для Тайной вечери, то мне следует радоваться, что Бог сподобил меня приготовлять такие хлебы, на коих совершается великая и страшная тайна: дивным и непостижимым образом прелагаются они в Святое Тело Христово».
И подвижник Божий продолжал неустанно трудиться. Иноки, видя его возрастающее рвение и полюбив его за смирение и кротость, просили игумена сделать Никандра келарем. Игумен исполнил просьбу братии и поставил преподобного на келарство. Святой при сем возвышении не изменил своей прежней жизни, но исполнял новую обязанность со смиренномудрием и усердием, как бы дело, порученное ему Самим Господом; не превозносился он данной ему властью, помня слова Писания:
Прибыв в свою пустыню, святой снова предался подвигам и прожил там отшельником до самой блаженной кончины своей в продолжение 32 лет и 2 месяцев. 15 лет из них он провел, не видя лица человеческого, так что и люди не знали о месте его подвигов. Чудесным образом Господь открыл миру Своего угодника. Некто Петр, по прозванию Есюков, живший в 12 верстах от хижины святого, однажды, погнавшись за лосем, заехал в темный лес, в глухую, непроходимую дебрь. Петр потерял из вида лося; тогда он заметил небольшую хижину, огороженную частоколом — жилище преподобного Никандра.