Епископ Тихон возвратился в Нью–Йорк 24 января 1904 года. Его пребывание в России оказалось успешным для возглавляемой им епархии. Новый викарий должен был прибыть через несколько недель. За этот период произошло и другое доброе событие. Св. Синод сообщил епископу Тихону об удовлетворении его просьбы о возведении архимандрита Рафаила в сан епископа Бруклинского, второго викария. Хиротония состоялась в сирийском храме Св. Николая в Бруклине 12 марта. Храм был полон верующими до отказа. Архимандрит Рафаил прочитал Символ веры частично на славянском и частично на арабском языках.
Епископ Тихон был возведен в сан архиепископа 19 мая 1905 года. В документе, написанном архиепископом Тихоном в декабре 1905 года, отражены его пророческие представления о Православной Церкви в Америке. В ответ на анкету, разосланную всем епархиальным архиереям Русской Церкви Св. Синодом в ходе подготовки к давно ожидаемому Собору Русской Церкви, архиепископ Тихон высказал свои идеи о структуре православной Миссии в Северной Америке. Он предложил превратить епархию в экзархат Русской Церкви, но с широкой автономией. Уже тогда он высказывался о возможности рассмотрения вопроса об автокефалии. Сербскую Миссию он предложил сделать викариатством с центром в Чикаго. Греческие общины, писал он, должны быть организованы так же, как Сирийская и Сербская Миссии. Он усматривал необходимость автономии и независимости только в вопросах, влияющих на внутреннюю жизнь или структуру каждой национальной епархии или викариатства, и подчеркивал также необходимость согласованных общих решений, выработанных епископами на заседаниях под председательством архиепископа в вопросах, касающихся всех.
Как епископу миссионерской епархии, распростершейся по всему континенту, епархии с многонациональной паствой, владыке Тихону приходилось думать о создании таких учреждений, которые помогли бы Церкви в Америке стать самостоятельной. Существовала очевидная необходимость в школе. Условия, в которых совершались пастырские труды в Северной Америке, весьма отличались от условий в России. Большинство служивших в миссии священников прибыли из–за границы, где они и получили свое образование. Такая зависимость от помощи извне была для епархии нежелательной. В 1905–1906 учебном году Миссионерская школа в Миннеаполисе, Миннесота, была преобразована в семинарию. В 1913 году она была переведена в Тенальфи, Нью–Джерси. В семинарии было воспитано два поколения священников для Церкви в Америке.
Становящаяся все более самостоятельной Церковь нуждалась также и в монастыре. «Вестник» время от времени уделял внимание этому вопросу. Лидером дискуссии был иеромонах Арсений (Чаузов), которому в июне 1905 года архиепископ Тихон дал благословение на создание монастыря близ Саут‑Канаана в Пенсильвании. К моменту перевода архиепископа Тихона в Ярославль Свято–Тихоновский монастырь был уже освящен и насчитывал пять насельников.
Хроника пастырских поездок архиепископа Тихона показывает, что он возглавлял богослужения, совершавшиеся на нескольких языках. К концу пребывания архиепископа Тихона в Америке в Северо–Американской Миссии была Сирийская Миссия с девятью общинами и Сербская Миссия также с девятью общинами. Многие приходы были многонациональными, и богослужения должны были проводиться на двух–трех языках. Наиболее приемлемым стал английский.
С самого начала своего служения в Америке архиепископ Тихон при малейшей возможности созывал епархиальное духовенство для обсуждения проблем жизни Миссии. Одним из первых признаков того, что он желал большего, явилась конференция духовенства в Кливленде, Огайо, 2 июня 1905 года.
В январе 1907 года в «Вестнике» появилось объявление о созыве Собора от имени предсоборного комитета, назначенного архиепископом Тихоном. Собор открылся 5 марта. Делегатов приветствовал архиепископ Тихон, предложивший в качестве темы такую: «Как расширять Миссию». Было решено начать работу с выработки Устава, который был бы законным и авторитетным в глазах гражданских властей. Собор после некоторого обсуждения выработал название Северо–Американской Миссии — «Святая Православная Соборная и Апостольская Церковь», отразив таким образом наличие всех национальностей и языков.
На второй сессии рассматривались финансовые проблемы епархии.
На последней сессии Собора рассматривались богослужебные вопросы. Эта дискуссия была вызвана расхождениями в совершении обрядов и служб в разных приходах. Некоторые выступали за единообразие, но Собор согласился с мнением архиепископа Тихона о том, что различия совершенно естественны, поскольку Православие в Америке возникло благодаря выходцем из разных стран, и что священник должен объяснять прихожанам разницу между главным и второстепенным. Если расхождения не затрагивают сути веры, они приемлемы.