И вот, самозванное обновленческое церковное управление созывает в мае 1923 года «Второй Поместный Собор Русской Церкви». Этот «Собор» лишил патриарха Тихона патриаршего сана и монашества, разрешил второбрачие священнослужителям, а также священнослужение женатым на вдовах или разведенных, ввел в жизнь брачный епископат. Один из бывших на этом «Соборе» молодых епископов — Иоасаф (Шишковский–Дрылевский) впоследствии рассказывал, как произошел акт лишения патриарха сана. Главари «Собора» Красницкий и Введенский собрали для совещания присутствующих на «Соборе» епископов, и когда начались многочисленные возражения против предложенной резолюции о низложении патриарха, Красницкий совершенно открыто заявил: «Кто сейчас же не подпишет этой резолюции, не выйдет из этой комнаты никуда, кроме как прямо в тюрьму». Терроризированные епископы (в том числе и сам Иоасаф) не нашли в себе мужества устоять перед перспективой нового тюремного заключения и подписали, хотя, по словам епископа Иоасафа, в душе почти все были против этой резолюции. 11 июня 1923 года в печати вышла «Инструкция о порядке регистрации религиозных обществ и выдаче разрешений на созыв съездов таковых». В этой Инструкции имелся следующий пункт: «Религиозные общества, не зарегистрировавшиеся в законном порядке в трехмесячный срок со дня опубликования Инструкции в «Известиях ВЦИК», считаются закрытыми». Этот пункт постановления правительства в глазах обновленцев должен был совершенно покончить с остатками «тихоновщины», так как органы власти категорически отказывались регистрировать какие–либо православные общины, не находящиеся в общении с самозванным Высшим Церковным Управлением.
Но Бог судил иначе: 27 июня 1923 года в «Правде» и в «Известиях» было совершенно неожиданно опубликовано «Постановление Верховного Суда об освобождении гражданина Белавина из–под стражи». Патриарх подписал заявление Верховному трибуналу с признанием всех возведенных на него в обвинительном акте обвинений, «с покаянием в них и с отречением от сочувствия монархическим идеям», завершавшееся указанием, что он отныне «не враг Советской власти». «Конечно, — писал патриарх, — я не выдавал себя за такого поклонника Советской власти, каким объявили себя церковные обновленцы, но уж и не такой контрреволюционер, каким представляет меня Собор… Я решительно осуждаю всякое посягательство на Советскую власть, откуда бы оно не исходило». По каким психологическим мотивам и в каких условиях подписал патриарх Тихон это заявление, он, насколько известно, никогда и никому не говорил, но никогда и не отрицал, что подписал его, не раз разъясняя буквально следующее: «Я написал, что отныне не враг Советской власти, но я не написал, что я друг…» Тем, кто не понимал его поступка и соблазнился им, он говорил: «Пусть погибнет мое имя в истории, только б Церкви была польза». Англиканскому епископу Бюри, который также просил объяснений, патриарх напомнил слова апостола Павла:
Но еще за несколько лет до ареста патриарх ясно заявил в воззвании от 25 сентября 1919 года: «Установление той или иной формы правления — не дело Церкви, а самого народа. Церковь не связывает себя ни с каким образом правления, ибо таковое имеет лишь относительное историческое значение».
Вот почему, обличая нападки обновленцев «о контрреволюционности» православных, Святейший имел право сказать: «И мы, и наша паства верны и Церкви Божией, и родному Православию, и нашему правительству, и только враги Церкви, сеющие смуту и вражду, могут утверждать иное».
Одной из постоянных забот Святейшего Патриарха было выхлопотать для Русской Православной Церкви регистрацию, а вместе с нею и возможность легального существования в пределах Союза ССР. Как писал об этом позднее митрополит Сергий: «Отсутствие регистрации для наших церковно–правительственных органов создает много практических неудобств, придавая всей нашей деятельности характер какой–то нелегальности, хотя мы и не совершаем ничего, запрещенного законом республики, что, в свою очередь, порождает много всяких недоразумений и подозрений».