Правые силы боролись с политикой губернского либерализма преимущественно националистическими и антисемитскими аргументами, находившими отклик и у царя. Противники министра финансов использовали в качестве инструмента отказ от иностранного капитала. Одновременно нескольким авантюристам удалось, польстив империалистическим устремлениям Николая II на Дальнем Востоке, вопреки совету министра финансов, убедить его в необходимости активизации политики экономического проникновения на Дальний Восток, которая из-за слабости санкт-петербургского руководства вылилась в войну с Японией. Причиной растущей потери ориентации в верхушке петербургской бюрократии было то, что Министерство финансов, периодически определявшее внутреннюю и внешнюю политику, потеряло влияние, и Витте в начале 1903 г. был отстранен от должности царем. Такая внутриполитическая коррекция курса была исключительно делом царя. На символическом уровне Николай подготовил ее поездкой на богомолье по случаю канонизации Серафима Саровского, которую он осуществил против воли Священного синода. Он рассматривал канонизацию и паломничество, как средство мистической связи царя со своим народом. Это событие укрепило Николая в давнем намерении уволить своего, ориентированного на Запад, якобы нерусского министра финансов и взять курс на другую политику. Правда, царь не знал, куда следует держать путь. По инициативе Витте в среде бюрократии разгорелась ожесточенная дискуссия о том, как можно улучшить положение крестьянства и нужно ли для этого реформировать его правовой статус. Несмотря на некоторые реформаторские шаги, как, например, отмену телесных наказаний крестьян, царь под влиянием нового министра внутренних дел Плеве принял решение в пользу политики все мерного сохранения социальной структуры крестьянства (сохранение общины), хотя кулацким элементам, то есть более богатым крестьянам, был облегчен выход из крестьянской общины. Царь и министры не сочли необходимыми реформы и в других областях: в рабочем вопросе было сделано лишь несколько незначительных уступок, вместо того, чтобы гарантировать право на забастовки, правительство продолжало репрессии. Со второй половины девяностых годов усиливалось ущемление других национальностей. Конституционный особый статус Финляндии задыхался под твердой рукой тогдашнего государственного секретаря Плеве и генерал-губернатора Бобрикова. Армян скую церковь лишили ее имущества, а ее школьную систему подчинили государству с указанием, что в этих школах преподавание должно вестись только на русском языке. Другие национальности также ощущали на себе, если не массированную враждебную национальную политику, то по крайней мере назойливые или даже коварные булавочные уколы.
Политикой стагнации и репрессий, которая одновременно в осторожной форме продолжала начатую экономическую политику, царь не мог удовлетворить никого. Умеренное земское движение, которое, сопротивляясь государственной экономической политике и постоянному вмешательству Министерства внутренних дел, требовало больших полномочий для местного самоуправления, реформ в крестьянском вопросе и в школьном образовании, а также свободы печати и собраний, становилось все сильнее. Зашевелились и низшие слои. В девяностые годы количество русских промышленных рабочих значительно возросло, и с продолжающимся переселением людей в города для работы на фабриках накапливался новый потенциал активистской радикальности. Это выразилось в ряде стачек, позволивших социалистическим партиям найти опору среди рабочих. Крестьяне дали о себе знать в 1902 г. массовыми беспорядками в Полтаве и Харькове, что привело к еще большему пониманию неотложной необходимости реформ, по крайней мере в небюрократических и недворцовых кругах. Царь, разумеется, решился на ужесточение репрессий. Это, конечно, не могло ослабить оппозиционное и революционное движение или сдержать террористическую активность социал-революционеров. Их жертвой пал представитель политической реакции Плеве, по поводу чего ликовали в широких кругах общества. После долгих колебаний Николай под влиянием своей матери решился вопреки первоначальному намерению назначить министром внутренних дел сторонника реформ Святополк-Мирского. Последний хотел оказывать больше доверия общественным силам, поэтому время его правления называли также «эпохой доверия». Но царь не собирался следовать реформаторским предложениям своего министра внутренних дел. В ходе решающих совещаний в декабре 1904 г. он отклонил созыв Государственной думы с совещательными правами. Тем самым он вынудил министра отступить, а режим двинулся навстречу большому кризису.