Программа, на которой сошлись царь и премьер-министр, никоим образом не означала выполнения программы дворянской реакции. Конституция практически не была отменена, а дворянство не могло навязать правительству свою аграрную программу, скорее правительству удалось, искусно влияя на «Объединенное дворянство», заставить его просить о такой аграрной программе, которая в значительной степени отвечала бы желаниям правительства. Поэтому «Объединенное дворянство» вскоре пересмотрело свои взгляды и критиковало политику премьер-министра и царя в области промышленности и сельского хозяйства за то, что она приводила к постепенной экспроприации собственности дворян. Отношения между правительством Столыпина и «Объединенным дворянством» неудержимо ухудшались, и «Объединенное дворянство» отклонило ряд проектов премьер-министра, касавшихся реформ сельского самоуправления и администрации, поскольку они привели бы к существенному ограничению привилегий дворянства. С другой стороны, царь энергично защищал свои прерогативы, например, в военной области и во внешней политике. Так, вопрос о перечне должностей для военно-морской службы, который был утвержден в рамках бюджета морского министерства, в 1909 г. привел к министерскому кризису, поскольку это могло означать, что дума хотела определять и внутреннюю организационную форму военно-морского флота. Царь отказался подписать этот закон и этим дал понять, что он не будет мириться с постепенным расширением компетенции думы. Поскольку реформаторские силы были ослаблены министерским кризисом 1909 г. и борьбой за закон о терпимости к староверам, то более значительные проекты реформ могли теперь иметь успех только в том случае, если их можно было связать с важными национальными задачами. Столыпин пытался в этом отношении использовать националистические силы, в том числе и для того, чтобы таким образом сломить возражения противников реформ, прежде всего Государственного совета. Самые разные факторы отчетливо проявились в так называемом кризисе западных земств. Архиконсервативные силы в Государственном совете отклонили этот проект, предусматривавший создание земств и в западных провинциях со смешанным национальным составом населения. В их глазах это в перспективе фактически ограничило бы власть царя, и благодаря особым условиям новые столыпинские крестьяне приобрели бы большее влияние на порядок проведения выборов в западных губерниях. Угрожая отставкой, Столыпин вынудил царя на три дня отложить заседание думы и Государственного совета и на основании статьи 87 конституции ввести закон о западных земствах в утвержденной думой, то есть относительно демократичной форме. Царя заставили сделать этот шаг Столыпин и, прежде всего, его мать. Однако он не простил этого своему премьер-министру. Убийство Столыпина в 1911 г. в Киеве освободило царя, как он считал, от необходимости сместить Столыпина с должности.
Отношения между Николаем и его премьер-министрами демонстрируют основополагающую структурную проблему конституционной монархии: если премьер-министр приобретает влияние, ему удается проводить единую политику правительства, что делает его популярным, то монарх отходит на задний план и простор для принятия им решений ограничивается. Николай почувствовал это и в различных ситуациях становился на сторону противников Столыпина, чтобы сохранить свое положение. Тем самым он препятствовал политической консолидации своего режима. Николай сознательно ослабил своего следующего премьер-министра: Коковцову он не позволил стать министром внутренних дел, а Горемыкина в 1914 г. вообще сделал премьером без собственной компетенции. Поэтому их позиция становилась все более слабой, и разные министерства теперь совершенно открыто действовали друг против друга или осуществляли несовместимую политику. Так, премьер-министру Коковцову не удалось предотвратить вмешательство министра внутренних дел в выборы четвертой думы (1912 г.) не в пользу октябристов, а в пользу еще более правых партий и сфабрикования пресловутого процесса о ритуальном убийстве против еврея Менделя Бейлиса, этот процесс подорвал престиж и монарха, и Российской империи.