Владислав IV помочь станичникам не мог и поневоле соглашался со шляхтой, не ценившей казачьих заслуг перед Польшей и не признававшей равными себе даже тех казаков, которых высоко ценил король. Наоборот, их ненавидели магнаты.
Между тем Хмельницкий не сидел без дела, заселил украинцами земли хутора Субботов, в 1646 г. навербовал 2500 казаков и отправился во Францию на помощь принцу Конде в его борьбе с Испанией. Незаурядный и деятельный Богдан всегда находил применение своим силам, что отмечал его современник Пьер Шевалье.
Но удельный владыка с двусмысленной фамилией Конецпольский считал Хмельницкого участником подозрительных проектов короля и вождем казачьей «черни», ежечасно готовой выступить против власти новых хозяев «Пустыни Наднепрянской». Но, несмотря на несправедливости и унижения от местной власти, Хмельницкий оставался верным подданным Владислава.
И пришел момент, когда личные обиды взяли верх над его доброй волей и лояльностью к Польше. В отсутствие Хмельницкого подстароста Чаплинский напал на Субботов и разграбил его.
Хмельницкий не нашел справедливости у короля. Тот ответил, что сенаторы не покорны его воле. Возвратившись из Варшавы в Чигирин, Зиновий как-то сказал возмущенно: «Чаплинский не все забрал, шашка моя в моих руках».
В ответ Александр Конецпольский арестовал казака, «оборотень в погонах» Чаплинский изнасиловал и убил его жену, а одного из сыновей приказал гайдукам избить на рынке до полусмерти.
Выйдя из тюрьмы, Хмельницкий 7 декабря 1647 г. ушел на Низ, к сичевикам, а оттуда отправился в Крым. Хан обещал помочь в войне с Речью Посполитой, чтобы изгнать поляков с тех земель, от которых Крым еще не отказался. В апреле 1648 г. началась Казацко-польская война, во главе которой 6 лет стоял Хмельницкий.
Под его знамена кроме казаков, коренных жителей края, собрались десятки тысяч переселенных сюда украинцев. Казаки и атаманы руководили, вооружали их, вели в бой, но не всегда могли направить их действия в русло казачьих военных традиций. Поэтому война стала непомерно кровавой и жестокой.
Знаменитый воин Хмельницкий, как мудрый политик, руководил борьбой за попранные права казаков. Об этом он ясно сказал 20 февраля 1649 г. польским послам в Переяславе: «Или мне с Войском Запорожским придется пропасть, или Земле ляшской сгинуть, со всеми сенаторами, дуками, кроликами и шляхтой».
Орда казаков, татар и украинцев разбила поляков на Желтых Водах, под Корсунем и Пилявцами. Грозило им это и под Зборовом, когда король, спасаясь от плена, подписал договор с казаками и татарами.
Профессор В. О. Ключевский писал, что успехи Богдана превзошли его ожидания, он не думал рвать с Речью Посполитой, хотел только припугнуть спесивых панов, а тут после трех побед почти вся Малороссия очутилась в его руках. Но если казаки и татары успокоились, то поляки и украинцы продолжали воевать, и конца края этому не виделось.
Хмельницкий понимал, что его разношерстная армия не устоит перед объединенным войском Польши и Литвы, не склонявшим оружия и перед более мощным противником. Бескорыстной помощи ждать не приходилось. Турция и Крым требовали подчинения султану, а разделять горькую участь его подданных-христиан казаки не желали. После всех ужасов междоусобицы союз с Польшей был уже немыслим. И казаки стали искать покровительства в Москве.
Хмельницкий намекнул послу единоверного царя, что может отдать край под покровительство Москвы. Царь, выказав на словах свое расположение, с помощью не спешил, а через 2 года, когда запорожцы терпели поражения, предложил гетману переселиться с войском на изобильные земли по рекам Донцу и Медведице.
За это Хмельницкий благодарил, но с ответом не спешил. Сич уже стал независимым, его признали соседи. Старший сын гетмана Тимофей 21 июля 1652 г. женился на Домне-Розанде, дочери молдавского господаря Василия Лупула. В 1652 г. он пошел на помощь своему тестю и погиб в Сучаве.
Силы казаков истощались, нависала угроза порабощения. Неверный союзник, хан Крыма, заключил с Польшей сепаратный мир. Полки украинцев были ненадежны, казаки стали уходить в Запорожье, на Донец и Дон. После поражения под Берестечком, 18 сентября 1651 г., пришлось отказаться от многих статей Зборовского договора.
Москва ждала еще 2 года, в середине 1653 г. гетман начал переговоры, но и тут не спешил, до 6 сентября 1653 г. грамоты адресовались ему старым титулом: «Божьей милостью короля польского и великого князя литовского гетману Войска Запорожского». Собирать же войска в помощь казакам Москва стала только после того, как пошли слухи, что ради мира Речь Посполитая готова пойти на уступки, а султан предлагает покровительство и военную помощь.