Другой колледж, основанный монархической властью, а именно королем Генрихом VIII, был колледж Тринити (1546). Он возник на месте двух несохранившихся колледжей – Михаэльхауза и Кингз Холла. Этот колледж по своему статусу получил широкое поле деятельности. Он должен был быть колледжем «по литературе, науке, философии, искусству и священной теологии». Этот колледж отличался от других большим количеством студентов – 60, таким же, как и количество феллоу. Это позволяло Тринити иметь широкую систему тьюторинга. Благодаря патронажу Томаса Навилла, фаворита королевы Елизаветы, колледж получил большие владения и обладал самой большой территорией по сравнению с другими колледжами Кембриджа и Оксфорда. Навилл был мастером колледжа с 1593 по 1615 годы, и ему колледж обязан многими инновациями. В 1690 году архитектор Кристофер Ренн, создатель собора Св. Павла в Лондоне, строит на территории колледжа библиотеку, получившую название «Библиотеки Ренна». В ней хранятся ценнейшие рукописи, ранние издания пьес Шекспира, рукопись книги Александера Милна «Винни-Пух». Среди знаменитых студентов колледжа был Исаак Ньютон, который учился и работал здесь в период с 1661 по 1696 годы, а также поэты Теннисон, Байрон и Драйден.
Королева Елизавета также проявила личный интерес к Кембриджскому университету. Она посетила Кембридж в 1564 году и провела здесь пять дней. К ее приезду город готовился загодя, улицы были очищены и посыпаны песком. Пиво и вино было завезено, чтобы праздновать королевский визит. Все студенты были проинструктированы при появлении королевы кланяться и кричать «Виват, Регина». В часовне Кингз-колледжа ораторы соревновались в искусстве красноречия, прославляя на латинском и греческом языках королеву-девственницу.
Но Елизавета не ограничилась только парадной стороной дела. При ней в 1570 году был принят новый статус университета, который передавал власть вице-канцлерам, влияние городской администрации было сведено до минимума. Во время Елизаветы количество студентов в Кембридже постоянно росло. Если в 1564 году их было 1200, то к концу ее правления их насчитывалось более двух тысяч. В 1560 году число ежегодных выпускников, получавших степень бакалавра, не превышало 50, но уже в 1580 году их было более двухсот.
При Елизавете Кембридж превратился в центр развития драматического искусства. В колледжах ставились греческие и римские комедии и трагедии. Дух Овидия и Плавта витал в старинных колледжах. В этот период многие выдающиеся английские комедиографы учились в Кембридже: Марло был в Корпус Кристи, Роберт Грин и Томас Нэш – в Сент Джонсе. Университет славился и своей поэтической репутацией – Эдмунд Спенсер создавал свою любовную поэзию, будучи студентом Пембрук-колледжа.
С историей Кембриджа тесным образом связана история колледжа «Сидни Сассекс», основанного в 1596 году леди Френсис Сидни, вдовой графа Сассекс. Студентом этого колледжа, правда, короткое время, был Оливер Кромвель, родившийся недалеко от Кембриджа в городке Или. Будучи студентом, он большую часть времени проводил на лужайке, занимаясь спортом – боксом, игрой в мяч. Во время гражданской войны в Англии Кромвель возглавил пуританскую оппозицию королевской власти. После его смерти его тело было изъято из могилы и обезглавлено. Первоначально голова Кромвеля была выставлена в Вестминстере, а в 1960 году была перезахоронена в часовне колледжа, в котором он когда-то учился. Об этом свидетельствует мраморная доска на стене колледжа.
К этому периоду относится Джизус-колледж. Этот колледж был основан еще в 1496 году Джоном Алкоком, епископом собора в Или, который построил его на месте монастыря св. Радегунда, изобразив на его на фасаде свой символ – петуха на глобусе.
Своеобразна история Модлен-колледжа, т. е., если судить по названию, колледжа Магдалины. Но название это было связано совершенно с другим именем. Колледж был основан канцлером короля Генриха VIII Томасом Одли (Adley). Поскольку он подписывался М. Одли, то колледж стал называться сначала Модлейн, а потом Модлен. Колледж знаменит своей богатейшей библиотекой книг и рукописей, подаренных ее бывшим студентом Сэмюелем Пипом (Pepys) (1633–1703). Сын лондонского портного, Пип сделал огромное состояние на взятках в Морском ведомстве. Пип переписывался с Исааком Ньютоном и Кристофером Ренном, его «Дневники» содержат замечательные свидетельства о людях и событиях, в том числе и о жизни в колледжах.
Колледж Эммануэл, который в прошлом студенты любовно называли Эмма, был основан в 1584 году Уолтером Милдмеем. Он возник как колледж для священников и превратился в рассадник пуританизма. Об истории этого колледжа рассказывается ниже.