Штурмовать город предполагалось со всех сторон, чтобы обороняющиеся не могли маневрировать, но главный удар по-прежнему планировался со стороны Арского поля большим полком Михаила Воротынского. В ночь с 1 на 2 октября Воротынскому стало известно, что казанцы узнали о подкопах. Это грозило провалом всего плана. Воевода настаивал на немедленном общем штурме. За 2 часа до рассвета все полки двинулись к стенам Казани…
Оглушительные взрывы раскололи тишину. Обрушилась стена возле Арских ворот. Огненный смерч разметал Ногайские ворота.
Через проломы воины большого полка воеводы Михаила Воротынского ворвались в город.
Стоявший рядом передовой полк тоже сумел преодолеть стены. Другим штурмовым колоннам не удалось ворваться в город, но свое дело они сделали: противник перебросил подкрепления против большого полка только тогда, когда ратники Михаила Воротынского уже сражались на городских улицах. Между тем казанцы начали контратаковать. Воевода Михаил Воротынский просил у Ивана Грозного помощи, и она пришла. Половина царского полка переправилась через реку Булак к проломам, которые удерживали стрельцы, и через них вошла в город. Теперь уже теснили русские полки, медленно пробиваясь к мечети, которую казанцы обороняли особенно упорно. Другой очаг сопротивления был в укрепленном ханском дворце. Но и там защитникам города не удалось удержаться. «Царь» Едигер был взят в плен. 6-тысячный отряд казанцев попытался вырваться из города, спустился со стены к речке Казанке, но с противоположного берега их встретили пушечным огнем. Уцелевших казанцев окружили и почти всех пленили. Взятие Казани окончилось. Царь Иван Грозный в окружении воевод торжественно въехал в город.
После «Казанского взятия» князь Михаил Иванович Воротынский был включен в состав «ближней думы» царя, но в первую очередь оставался по-прежнему воеводой. В 1553 г. Михаил Воротынский вместе с князем Иваном Шуйским возглавлял большой полк в Коломне. В 1554 г. мы уже видим его «в Свияжском городе на годовании». Там же воевода оставался и в следующем году. Весной 1556 г. – Михаил Воротынский уже на «крымской украине», во главе большого полка в Коломне, летом – с большим полком «на устье Протвы», а осенью – в передовом полку в Калуге. В 1557 г., получив известия, что «царь крымский вышел со многими с прибылыми людьми», Иван Грозный «приговорил для своего дела и земского итти на Коломну». В этом походе Михаил Воротынский был «дворцовым воеводой», при особе царя.
В 1558 г. началась Ливонская война – Россия пыталась вернуть выход к Балтийскому морю. Но Михаил Воротынский, как признанный «полевой воевода», был оставлен на «крымской украине». В июне бежавший из Крыма «полоняник» сообщил, что «царь крымский со всеми людьми готов в Перекопе, а к турскому (к султану) просить людей послал, а как турский царь людей на помочь ему пришлет, и тогда-де царь крымский хочет быть на великого князя украины». Немедленно были выдвинуты войска в Калугу и первым воеводой большого полка назначен Михаил Воротынский. Выступить в поход готовился и сам Иван Грозный. Михаил Воротынский получил ответственнейшее задание: «Велел государь слуге князю Михаилу Ивановичу Воротынскому итти на Каширу, а с Каширы итти на Дедилов, а с Дедилова на поле места смотреть, где государю и великому князю полком стоять». Осенью, когда опасность большого крымского вторжения миновала, «слуге князю Михаилу Ивановичу Воротынскому велел государь итти на службу в его вотчину в Одоев».
Военными тревогами был заполнен для Михаила Воротынского и 1560 г. В весеннем «разряде от поля» он записан воеводой «на Туле», затем возвращен в пограничный Одоев, однако осенью, когда с «поля» пришли вести о готовившемся набеге, снова «на Туле слуга князь да боярин князь Александр Ивановичи Воротынские». В 1562 г. в «разряде береговом от поля» вновь упоминается «в большом полку воевода князь Михаил Иванович Воротынский». В этом году крымский хан Девлет-Гирей с 15-тысячной ордой сжег посады Мценска, нападению подверглись Одоев, Новосиль, Белев и другие «украинные города». Ордынский набег чуть не сорвал поход русского войска на Полоцк. Только умелые действия пограничных воевод позволили отогнать хана. Оборону юга фактически возглавлял Михаил Воротынский.