Хрупкая и слабая Александра едва не умерла в тот же день, когда родила дочку. Это случилось на девятый день после родов, когда доктора уже разрешили ей вставать с постели. На приеме во дворце 3 марта 1801 года эрцгерцог Иосиф радостно объявил, что палатина поправляется. Как свидетельствуют очевидцы, еще с утра весь двор Офена, узнав, что его любимица поправляется, был весел, но к вечеру радость сменилась тревогой. У великой княгини Александры Павловны внезапно поднялась температура. Начался бред, во время которого бедная женщина просила своего духовника отвезти ее домой и построить ей маленький домик в парке Павловска, чтобы она могла там жить. Отец Андрей и Иосиф не отходили от ее постели. Сменяя друг друга, они прикладывали к пылающему лбу умирающей холодные компрессы, говорили слова поддержки и утешения. Но в сознание она так и не пришла. В шесть часов утра следующего дня великой княгини Александры Павловны, эрцгерцогини Австрии, палатины Венгерской не стало.
Услышав отчаянный крик священника, Иосиф, задремавший было в кресле у окна, бросился к постели жены и тут же упал без чувств. И это был человек, командовавший войсками и видевший смерти сотен солдат на поле боя.
16 марта эрцгерцог Иосиф Антон Габсбург написал императору Павлу I: «
В замужестве великая княжна Александра Павловна прожила пятнадцать месяцев. Но и после смерти на чужбине ее прах не сразу нашел успокоение. Императрица Мария Терезия не позволила отцу Андрею похоронить палатину Венгерскую в саду дворца, подаренного ей супругом. По свидетельству современников, гроб с телом умершей несколько дней стоял в сыром подвале здания, находившегося у торговой площади. Подвал обычно служил для хранения лука.
Наконец из Вены пришло повеление похоронить великую княгиню на земле, купленной русским правительством. Неподалеку от Офена, в деревушке Ирем, где жили преимущественно сербы, был отведен участок для постройки православной церкви и устройства при ней кладбища.
Благодаря стараниям отца Андрея гроб с телом великой княгини в сопровождении множества людей перенесли в Ирем. Все жители были потрясены преждевременной смертью палатины.
В 1802 году правитель Венгрии эрцгерцог Иосиф в память о горячо любимой супруге построил в Иреме православный храм. Иконостас и церковную утварь Александра еще при отъезде получила от своих родителей. Храм в Иреме был освящен и стал первым приходом православной церкви на территории Венгрии. В присутствии эрцгерцога в эту церковь был перенесен гроб с телом великой княгини Александры Павловны. Отец Самборский вплоть до своего отъезда в Россию летом 1804 года охранял достоинство своей духовной дочери, ее гроб в церкви-усыпальнице и уважение к вере, в которой она родилась. Он регулярно совершал там богослужения.
По воле овдовевшего эрцгерцога Офенский дворец, где скончалась его супруга, был превращен в музей. Покинув его навсегда, Иосиф оставил все так, как было при жизни его любимой Александры.
Неожиданная смерть Александры, прожившей так мало в замужестве и так много страдавшей от враждебности венского двора, произвела в России очень тяжелое впечатление. Возмущение русского общества политикой Австрии еще больше усилилось.