В 1942 г. авиация союзников нанесла по зданию посольства первый бомбовый удар. После дальнейших бомбежек оно сильно пострадало, и при штурме Берлина бой уже шел за полуразрушенное здание. По стороне Унтер-ден-Линден, на которой располагалось посольство, в сторону Бранденбургских ворот наступали воины Краснознаменной ордена Суворова 416-й Таганрогской стрелковой дивизии, сформированной на Кавказе и состоявшей на 90 % из азербайджанцев. Наименование «Таганрогская» она получила в августе 1943 г., когда освободила от гитлеровцев город Таганрог, в честь чего в Москве был произведен салют. Эта дивизия и освободила от гитлеровцев здание посольства под утро 2 мая 1945 г.
О том, как шел бой, рассказал в книге «Весна победы» непосредственный участник сражения Федор Ефимович Боков, член Военного совета 5-й ударной армии, в состав которой входила 416-я дивизия.
После войны
В послевоенные годы первая советская дипломатическая миссия в Берлине несколько лет размещалась в районе Панков, в бывшей школе на ул. Чайковского. Первым послом СССР в ГДР после войны был Г. М. Пушкин, который находился на этой должности с 1949-го по 1952 г.
Восстановлением здания посольства руководил главный архитектор Анатолий Яковлевич Стрижевский. Ему помогал Фритц Борнеманн, по его проекту позднее было восстановлено также здание Немецкой оперы в Западном Берлине. В число участвовавших в строительстве немецких специалистов вошли профессор Зихерт и инженер Скуйин. На памятной доске читаем, что строительные работы велись воинской частью № 41 757 с 1949-го по 1951 г.
Новое здание в три раза больше довоенного, хотя изначально планировался единый архитектурный комплекс еще больших размеров — на весь квартал от перекрестка до перекрестка, с красивыми башенками по углам. В посольский комплекс также входит Торгово-экономическое бюро, школа, жилые дома для сотрудников посольства и торгпредства. Рядом представительство «Аэрофлота». С довоенных времен сохранился дом, примыкающий к зданию посольства с правой стороны, если стоять к нему лицом. Там сегодня расположены жилые помещения и посольский бар. В начале XX в. в этом доме находилось бюро пароходной компании, которая в том числе продавала и билеты на «Титаник».
Официальное торжественное открытие представительства как посольства Советского Союза в ГДР состоялось на приеме, посвященном общенациональному празднику СССР, 7 ноября 1951 г.