Летом 1738 года наш герой получает назначение возглавить Уфимскую провинциальную канцелярию. А через несколько месяцев, когда была образована Уфимская провинция, получает и воеводскую должность (продолжая одновременно командовать ландмилицкими полками). Он тесно сближается с начальником Оренбургской экспедиции, видным интеллектуалом, а в прошлом – членом “ученой дружины”, историком Василием Татищевым (1686–1750), причем исследователи называют их единомышленниками. Вместе с Татищевым они совершенствуют работу Оренбургской и Башкирской комиссий, пытаются навести порядок и в делах местной администрации. Как и Татищев, Аксаков изучает историю края, а также собирает башкирский фольклор, и по собственному почину выучил татарский и башкирский языки. Забегая вперед, скажем что, по иронии судьбы, их обоих обвинят в злоупотреблении служебными полномочиями.
В 1740 году, когда в Уфимской провинции была заведена должность вице-губернатора, после тщательного отбора кандидатов на этот пост был назначен Аксаков “с производством его в чин бригадира”. Сему немало способствовали личные качества соискателя. Современники говорят об остроте ума Петра Дмитриевича (что на языке того времени означало “способность душевная скоро понимать что, проникать во что”), о его изощренном крючкотворстве, а также особом сатирическом складе мышления, так что “даже деловые бумаги его не лишены едкого сарказма”. А то, что Аксаков самоуправен, гневлив, дает волю рукам, до мзды охоч и за словом в карман не лезет, так на то он и губернский гроза-начальник!
Неудивительно, что заступив на должность, Петр Дмитриевич объявил, что “никаких оренбургских командиров знать не хочет” и все решает только сам. Между ним и предводителем Военно-судебной комиссии генерал-лейтенантом Леонтием Соймоновым сразу же началась перепалка, перешедшая в самую ожесточенную войну, в коей оказались задействованы и слои местного населения. Аксаков старался выставить себя покровителем башкир, будто бы теснимых начальником края. И летели жалобы в Сенат, и шли депутации башкирского народа к Елизавете Петровне, в результате чего вице-губернатор восторжествовал, а “злокозненный” Соймонов был отправлен в отставк у.
Новым губернатором был назначен тайный советник Иван Неплюев, с коим у Аксакова сложились поначалу отношения вполне приятельские. Вместе они подготовили важные проекты по увеличению народонаселения и развитию ремесел в крае, а также в военной области. Однако через некоторое время опять начались взаимные обвинения, вспыхнули столь же яростные ссоры. Причины толкуются исследователями по-разному. Историк Владимир Витевский корит во всем Аксакова, говорит о его злоупотреблении властью, “полном неуважении к правосудию и закону”, растрате казенных средств, что он, дескать “бесцеремонно обирал башкир, брал не только деньгами, но и натурой” и т. д. А современный башкирский исследователь Ильшат Биккулов, напротив, считает, что “талантливый и умный правитель” Петр Аксаков, “пытаясь искоренить злоупотребления и навести порядок в крае, навлек на себя гнев главных командиров”. Он ставит в заслугу Аксакову и то, что он собрал ценный исторический материал о Башкирии, ее народе, хозяйстве, который не утратил ценности и сегодня.
Впрочем, документы той поры характеризуют Аксакова как человека “неустрашимого и смелого до дерзости в своих поступках”. Что до самих поступков, то, по словам очевидцев, вице-губернатор “всегда неподобными словами ругался и грозил”, так что опасались, “что мог до смерти убить каким-нибудь случаем”. Он “забирал в свою канцелярию невинных и бил их”, ”держал на гауптвахте приказных служителей”. В результате губернатор Неплюев рассудил за благо самую должность вице-губернатора упразднить, “находя ее, судя по поступкам Аксакова, даже вредной”. Состоявшийся суд отстранил Петра Дмитриевича от должности, однако тот продолжал жительствовать в поместительном вице-губернаторском доме, исправно получал жалование в размере 600 рублей и разъезжал по Уфе, как положено бригадиру, на шестерике “с гайдуками и скороходами”. Он бомбардировал письмами Сенат, а также своих влиятельных друзей в Москве и Петербурге, вопия, что “окружен злодеями, которые покушаются на [его] жизнь”.
И вот – свершилось, Аксакова заприметили при Дворе. В Уфу пришла гербовая бумага за подписью генерала-фельдмаршала Людвига Гессен-Гомбургского о том, что отставленному бригадиру надлежит незамедлительно явиться в Москву, в Правительствующий Сенат для личных объяснений. С изрядной суммой “прогонов и подъемных денег” наш герой въезжает в Белокаменную, что называется, на белом коне, сопровождаемый почетным охранным конвоем, ватагой крепостной дворни, а также поварами и походной кухней. Петр Дмитриевич был принят самой императрицей и услышал из монарших уст “милостивое слово”. В знак расположения к бригадиру Елизавета тут же пригласила его сопровождать ее на богомолье, в Троице-Сергиеву Лавру. А вскоре Петру Аксакову было велено остаться при Дворе и забавлять императрицу остроумными шутками.