В регионе также сконцентрировалось до 5 тысяч военнослужащих Внутренних войск МВД и сотрудников правоохранительных органов, которым было поручено занять первый рубеж «санитарного кордона» вдоль административной границы с Чечней. По оценке военных, федеральной группировке войск на Северном Кавказе противостояли до 6 тысяч боевиков, отряды которых дислоцировались на территории Чеченской Республики. Согласно разведданым, бандформирование численностью в 2–2,5 тысячи человек, находившееся в Гудермесском районе Чечни, планировало осуществить нападение на дагестанский райцентр Бабаюрт с дальнейшим возможным прорывом к Кизляру, рядом с которым проходит важная в стратегическом плане автотрасса «Кавказ», соединяющая Баку с Ростовом-на-Дону.
Под фактом агрессии на Дагестан была подведена черта, но еще в течение нескольких недель подразделения войсковой группировки обеспечивали стабильность в республике, постепенно передавая свои функции сотрудникам МВД. Войсковые подразделения передислоцировались к административной границе с Чечней во избежание нового прорыва боевиков в Дагестан. А такая опасность была реальной.
20 сентября «непотопляемый» Басаев, которому президент Ичкерии А. Масхадов поручил командование «Восточным фронтом», заявил в Грозном прессе, что будет формировать батальон «шахидов» (шахид — мученик, погибший за веру.
24 сентября в Астане премьер-министр России В. Путин произнес знаменитое: «Российские самолеты наносят удары исключительно по базам террористов. Мы будем их преследовать всюду. Если, пардон, в туалете их поймаем, и в сортире замочим».
Общая оценка событий в Дагестане, действий представителей федеральной власти, руководства и населения республики дана в кратких воспоминаниях о событиях лета—осени 1999 года, которые специально были предоставлены для книги Председателем Госсовета Республики Дагестан Магомедали Магомедовичем Магомедовым.
«7 августа 1999 года вооруженные до зубов отряды религиозно-политических экстремистов и международных террористов вторглись на территорию Дагестана и захватили несколько высокогорных селений Ботлихского района. Над республикой нависла явная угроза потери единства и целостности, ее отторжения от Российской Федерации. Это могло привести к необратимым и трагическим последствиям для всей страны. Понимая, что наступил час суровых испытаний, перед лицом большой беды дагестанцы сплотились, чтобы защитить свой родной край, конституционный строй и исторический выбор, ориентированный на единство с Россией.
9 августа сложившаяся обстановка была рассмотрена на заседании Государственного совета Республики Дагестан. Принято Постановление «О ситуации в Республике Дагестан в связи с вторжением на территорию республики незаконных вооруженных формирований и мерах по обеспечению безопасности Республики Дагестан», в соответствии с которым образована Республиканская комиссия во главе с Председателем правительства республики Х. И. Шихсаидовым. Органы государственной власти Дагестана незамедлительно приступили к подготовке и принятию адекватных мер, в том числе связанных с формированием подразделений при военных комиссариатах и отрядов самообороны, их материально-техническому обеспечению. В тесном взаимодействии с Республиканской комиссией функционировал Координационный центр по информационному обеспечению мер, принимаемых органами государственной власти.