13 мая 2000 года Президент Российской Федерации Владимир Владимирович Путин практически незамедлительно после вступления на высший государственный пост подписал Указ № 849 «О полномочном представителе Президента Российской Федерации в федеральном округе». Согласно этому указу институты полпредов Президента в регионах преобразовывались в институты полномочных представителей Президента Российской Федерации в федеральных округах, утверждалось Положение о полномочном представителе в федеральном округе.
Прежде всего, полпред призван был обеспечить реализацию конституционных полномочий главы государства в пределах соответствующего федерального округа. Его основные задачи определялись так: организация работы по реализации органами государственной власти основных направлений внутренней и внешней политики государства; контроль за исполнением решений федеральных органов государственной власти; обеспечение реализации кадровой политики Президента Российской Федерации; представление ему регулярных докладов об обеспечении национальной безопасности, о политическом, социальном и экономическом положении в округе, внесение соответствующих предложений.
Полномочному представителю предписывалось: обеспечивать координацию деятельности федеральных органов исполнительной власти в округе; анализировать эффективность деятельности правоохранительных органов, заботиться об их кадровой обеспеченности; организовывать взаимодействие федеральных органов исполнительной власти с органами государственной власти субъектов Российской Федерации, органами местного самоуправления, политическими партиями, иными общественными и религиозными объединениями; совместно с межрегиональными ассоциациями экономического взаимодействия субъектов России разрабатывать программы социально-экономического развития территорий в пределах федерального округа; согласовывать кандидатуры для назначения на должности федеральных государственных служащих; организовывать контроль за исполнением федеральных законов, указов и распоряжений Президента, постановлений и распоряжений Правительства, за реализацией федеральных программ; согласовывать проекты решений федеральных органов государственной власти, затрагивающих интересы федерального округа или субъектов Российской Федерации; принимать участие в работе органов государственной власти субъектов, а также органов местного самоуправления, находящихся в пределах федерального округа; вносить Президенту Российской Федерации предложения о приостановлении действий актов органов исполнительной власти субъектов в случае противоречия этих актов Конституции страны, федеральным законам, международным обязательствам России или нарушения прав и свобод человека и гражданина.
Северо-Кавказский федеральный округ (Указом Президента Российской Федерации от 21 июня 2000 года переименован в Южный федеральный округ —
Институт полпредов был учрежден Президентом России, когда только что закончился период активных военных действий на мятежной территории Чечни, где федеральными силами, противодействующими бандам сепаратистов, руководил будущий полпред Президента Российской Федерации в Южном федеральном округе В. Г. Казанцев, и ни о каком «дозированном» урегулировании ситуации на Кавказе не могло быть и речи. В недавнем прошлом эта проблема дошла «до крайнего положения и легла на упоры». В таком случае уже не до оценки нюансов ситуации, а управление обычно выбирается максимально интенсивным. Чечня в последнее десятилетие российской истории была «главным звеном» в проблеме сохранения новой российской государственности, территорией, где решались судьбы Российской Федерации, где требовалось предельное внимание федерального правительства и Президента страны.
Сплоченность этнической элиты часто зиждется на взаимных политических и экономических интересах, объединении ради личных выгод. Борьба с этим явлением практически невозможна внутри территориальных образований и затруднена из далекой Москвы. Наличие объединяющей политической структуры в лице полпреда Президента России и аппарата полпредства, компетентного, знающего нюансы местной политической реальности, делает ситуацию более гибкой и подконтрольной федеральному правительству и Президенту России.
Главными задачами политического руководства со стороны Федерального центра в не остывшем от войны округе являлись практические действия по подбору и расстановке кадров для политического и хозяйственного руководства на местах, и в первую очередь — в Чеченской Республике.