Русский генофонд на Русской равнине

5. АТЛАСЫ ГЕНОФОНДОВ

В этом разделе рассматриваются технические вопросы создания всего множества карт, приведённых в книге. Описаны исходные данные для картографирования, указаны параметры построения разных видов карт, отмечены особенности различных Атласов.

§ 1. Атласы русского генофонда

БАНК ДАННЫХ «РУССКИЙ ГЕНОФОНД»

Создание геногеографических Атласов невозможно без предварительной разработки банков данных, содержащих исходную информацию. В ряду созданных нами банков, использованных в этой книге («GENEPOOL», «World Mitochondrial», «Палеолит Северной Евразии» и другие) банк данных «Русский генофонд»[80] занимает особое место.

Этот Банк данных (информация на конец 2005 г.) содержит данные о русских популяциях (более 500), изученных по признакам генетики и антропологии (350 маркёров различного типа).

Для того чтобы стать не просто хранилищем самых разнообразных сведений о русском генофонде, а материальной основой для синтеза этой информации, Банк данных должен был решить задачу унификации данных. Вся информация дается в Банке по единой схеме и для генетических, и для антропологических данных. Именно единство формата позволяет отбирать любые данные по общим формальным признакам и комбинировать их.

Банк данных (БД) включает в себя десять разделов, объединяемых в три группы: А) информация, общая для всех тематических разделов БД; Б) тематические разделы; В) справочники.

A) ОБЩАЯ ИНФОРМАЦИЯ

1. Популяционный раздел.

Детальные описания каждой популяции — административная принадлежность, географические координаты, особенности сбора выборки, статус и т. д.

2. Библиографический раздел.

Сведения по тем источникам, откуда были взяты данные.

Б) ТЕМАТИЧЕСКИЕ РАЗДЕЛЫ

3. Соматологические признаки (3276 записей),

4. Дерматоглифические признаки (201 запись).

5. Классические генетические маркёры (2754 записей);

6. Аутосомные ДНК маркёры (962 записи);

7. Гаплогруппы митохондриальной ДНК (363 записи).

8. Гаплогруппы У хромосомы (112 записей);

B) СПРАВ0ЧНИКИ

9. Административно-территориальная классификация

Перечень государств мира, областное деление стран СНГ до уровня областей, административное деление России на субъекты РФ и их подразделение на районы. Справочник позволяет каждой изученной русской популяции дать точную привязку к территории и административной единице.

10. Справочник маркёров и другие специальные справочники.

Основные задачи БД — обеспечить удобный ввод данных, проверку правильности их введения, возможность поиска (фильтрации) и любого комбинирования данных, выгрузку нужной комбинации данных в заданном виде, который «понимает» та или иная программа последующего анализа.

Банк данных обладает развитой системой поиска и отбора информации по различным параметрам и по запросам различного характера: группе популяций,

набору маркёров, интервалу значений признаков, любому сочетанию этих условий и т. д. Фактически — благодаря использованию готовых иерархически организованных списков — не представляет затруднений быстро отобрать из всего массива данных сведения по интересующей пользователя популяции или группе популяций, причем по любому конкретному маркёру или их заданной группе.

ОТ БАНКА — К АТЛАСАМ

Информация из банка данных выгружалась в формат данных для картографирования, и с использованием нашего геногеографического программного пакета GGMAG создавались карты — как для отдельных признаков, так и синтетические карты.

Все карты Атласов русского генофонда построены при следующих постоянных параметрах:

— Число узлов ЦМ: 88x103;

— Параметры интерполяции: степень полинома 0. радиус 10, степень весовой функции 6;

— Построение трендовых карт: осреднением в плывущем окне постоянного (для данной карты) размера. Для разных карт использованы окна разной величины (см. ниже описания каждого отдельного Атласа).

— Шкалы: равномерные, как правило, семиинтервальные.

— Надёжная область: зона с вероятностью правильного прогноза более 95 % при заданном уровне строгости.

Другие параметры (например, размер окна сглаживания, уровень строгости, мера расстояний) различались от Атласа к Атласу и указаны ниже при описании построения соответствующих карт.

АТЛАС СОМАТОЛОГИИ РУССКОГО НАРОДА

(рассмотрен в главе 4).