В 1097 году в Корсуни местным иноверцем был замучен инок разоренного половцами Киево-Печерского монастыря Евстратий Постник. Иноверец купил его у половцев, понуждал отречься от Христа, морил голодом, а в день Святой Пасхи распял его на кресте в присутствии других членов своей религиозной общины. Православная церковь празднует память преподобного мученика Евстратия 28 марта по старому стилю. Евстратий от своей веры не отрекся и был за свою стойкость убит с изощренной жестокостью. Вот как описан херсонесский подвиг Евстратия в его «Житии»: «В 1097 году половцы разгромили Печерский монастырь. Св. Евстратий, инок этого монастыря, был в числе уведенных ими пленников. В числе других они продали его в рабство одному иудею в город Корсунь. За отказ их отречься от Христа иудей этот в течение 10 дней уморил всех в цепях голодом. Выжил только один св. Евстратий, привыкший к посту от юности.
Но через две недели, в день Святой Пасхи, иудей распял его на кресте, и Св. преподобномученик благодарил Бога за то, что Он сподобил его принять те же самые страдания, которые претерпел Он Сам. Но мучителя он предупредил, что его постигнет гнев Божий. Вне себя от ярости, тот пронзил его копьем. Тогда все увидели огненную колесницу и огненных коней, уносивших ликующую душу святого на небо. И услышали с неба глас: “Вот доблестный гражданин Града Небесного!” Тело его было брошено в море, но его вскоре нашли мокрым в одной пещере Печерского монастыря и там же погребли. А затем открылось, что правитель той страны… позволяет иметь рабов-христиан, что было запрещено по закону. Он был казнен, и с ним погибло множество иудеев, а сам хозяин Св. преподобномученика Евстратия был повешен на дереве».
… Херсонес умирал медленно. С каждым столетием все больше и больше теряя свою исполинскую силу. Именно так и погибают великие города. Постепенно, поколение за поколением, покидали жители берега Прекрасной бухты. Пустели дома, улицы и кварталы. Зарастали сорной травой дворы. Все реже и реже заходили сюда торговые корабли. Жизнь, казалось, остановилась здесь навсегда. Кто скажет теперь, где и в каких краях рассеялись некогда гордые херсонеситы? В чьих жилах течет ныне их кровь? Исход из Священного города совпал с монгольскими потрясениями, а потому был совсем не замечен летописцами. Безжалостный же Хронос стер и то немногое, что знали об этом современники. Кончалась эра великого Херсонеса. Дописывалась очередная глава истории человечества.
В первой половине XV века в Херсонесе еще теплилась жизнь, но вскоре его покинули и последние жители-рыбаки. Уже в следующем, XVI столетии польский посол Мартин Браневский писал, побывав в Херсонесе: