Складывающаяся в XVIII веке диалектика государственного дисциплинирования и дискредитации религиозных элит генетически близка иозефинистскому регулированию конфессий. Конфессиональная дисциплина определялась здесь через просвещенческие ценности: рациональное управление, социальную «полезность» клира, вероисповедную грамотность мирян, сознательный характер молитвы. Дискредитация же увязывалась с противостоянием «регулярного» государства клерикализму и теократическим настроениям в духовенстве («папежскому духу», по выражению Феофана Прокоповича), а также с борьбой против растяжимо понимаемых «суеверий». Устойчивость институциональной механики этой религиозной политики в Российской империи объясняется отчасти тем, что процесс территориальной экспансии и, главное, включения в сферу внимания власти новых (этно)конфессиональных групп растянулся весьма надолго. На уровне же дискурса иозефинизм уже в первой половине XIX века с трудом поддавался последовательному оправданию – во многом потому, что Романовы и их бюрократия все меньше оглядывались на габсбургский опыт управления империей и, соответственно, желали затушевать ранее состоявшиеся сближения или прямые заимствования. Романовская веротерпимость прославлялась в России как дар великодушных монархов, а иозефинизм и позднейшие габсбургские реформы, поощрявшие развитие этнокультурного самосознания, осуждались как расчетливая игра на религиозных и национальных чувствах подданных («разделяй и властвуй»).
С усилением национализма начиная со второй четверти XIX века практика дискредитации в конфессиональной политике получает новый смысл и новый эмоциональный заряд. Православие предстает главным, а порой исчерпывающим свойством русской нации, религиозное определение русскости берет верх над другими (например, над культурно-языковым), а потому иноверие легко наделяется атрибутикой национального врага. Соответственно, «чужая» вера начинает символизировать не только нелояльность духовной элиты данного сообщества монарху, но и культурную отсталость, социальные пороки, гражданскую ущербность, признаваемые теперь характеристиками самого вероисповедания (а иногда и значительной массы верующих). Подобный подход был применен в России в 1830-х годах к унии: власть исключила униатство из числа конфессий, для которых тогда готовились статутные законы («уставы»), и дала понять униатскому клиру, что ему не сохранить за собой привилегий иначе, как перейдя in corpore в православие. Но и спустя четверть века после «воссоединения» унии с синодальным православием в 1839 году инерция прежней конфессиональной политики давала о себе знать. Недоверие властей к экс-униатам – по преимуществу крестьянскому населению, говорившему на белорусских диалектах и официально считавшемуся русским, – в немалой степени обуславливалось теми чертами конфессиональной обособленности, которые оставались на самом деле (или мнились слишком впечатлительным чиновникам) в церковном обиходе, местной организации церковного управления, публичном поведении высших клириков.
Для конфессиональной политики в эпоху Великих реформ особое значение имела предпринятая с новой силой и по отношению к разным конфессиям попытка отграничить внутренние, «чисто духовные» дела данного вероисповедания от предметов «духовно-административных», т. е. институтов и отправлений культа, которые опосредовали отношения между государством и подданными и фиксировали гражданские состояния индивида. Сама по себе идея демаркации «духа» и «буквы» веры соответствовала символической репрезентации Александра II как молодого, реформистски настроенного монарха, которому надлежало подчиняться не за страх, а за совесть, – упрощенно выражаясь, как олицетворения благодати, а не закона.