Отказ от вмешательства во внутренние дела других стран влечет за собой массовое падение просоветских коммунистических режимов в Восточной Европе в 1989 году. В Чехословакии 29 декабря 1989 года приходит к власти бывший диссидент Вацлав Гавел, в Польше 9 декабря 1990 года — бывший лидер профсоюза «Солидарность» Лех Валенса. В Румынии, в отличие от других стран Восточной Европы, коммунисты были смещены силой, а президент Николае Чаушеску вместе с женой расстреляны по приговору трибунала. Таким образом, происходит фактический коллапс сложившейся по итогам Второй мировой войны советской сферы влияния.
На территории СССР разгораются межнациональные конфликты.
Первым проявлением напряженности в период перестройки стали события в Казахстане, получившие название «Желтоксан». 16 декабря 1986 года в Алма-Ате состоялась демонстрация протеста после того, как Москва пыталась навязать на пост первого секретаря ЦК КП КазССР своего ставленника Геннадия Васильевича Колбина, работавшего до этого первым секретарем Ульяновского обкома КПСС и не имевшего никакого отношения к
Казахстану. Эта демонстрация была подавлена внутренними войсками. Некоторые ее участники «пропали без вести» либо попали в тюремное заключение.
В июне 1989 года в Новом Узене вспыхнули межэтнические столкновения между казахами и выходцами с Кавказа, для подавления которых были задействованы бронетранспортеры, танки, боевые вертолеты и другая военная техника.
15-16 июля в Сухуми произошли столкновения между грузинами и абхазами.
Наибольшей остротой отличался начавшийся в 1988 году карабахский конфликт. Произошли взаимные этнические чистки, начался исход армян из Азербайджана и азербайджанцев с курдами-мусульманами из Армении. В 1989 году Верховный Совет Армянской ССР объявил о присоединении Нагорного Карабаха. Летом того же года Армянская ССР ввела блокаду Нахичеванской АССР, а Народный фронт Азербайджана в качестве ответной меры объявил экономическую блокаду всей Армении. В апреле 1991 года между двумя советскими республиками фактически началась война.
Происходят беспорядки в Ферганской долине, где смешанно проживают несколько народов. В конце мая 1989 года в Ферганской области Узбекской ССР обострились отношения между узбеками и турками-месхетинцами. В июне там произошли массовые погромы и убийства турок-месхетицев, известные как «Ферганские события», вызвавшие массовую эвакуацию турок-месхетинцев из республики. В мае следующего года в узбекском городе Андижане произошел погром евреев и армян. Спустя месяц на территории Киргизской ССР разразились киргизо-узбекские столкновения («Ошская резня»). На этнической почве в Баку, столице Азербайджанской ССР, 13–20 января 1990 года произошли беспорядки, сопровождавшиеся массовым насилием в отношении армянского населения, грабежами, убийствами, поджогами и уничтожением имущества.
Решение о реабилитации депортированных Сталиным народов приводит к нарастанию напряженности в ряде регионов, в частности в Крыму — между вернувшимися крымскими татарами и русскими, в Пригородном районе Северной Осетии — между осетинами и вернувшимися ингушами.
На фоне общего кризиса росла популярность радикальных демократов во главе с Борисом Ельциным. В двух крупнейших городах — Москве и Ленинграде — она доходила до максимума. Одновременно в республиках ширились движения за выход из состава СССР и «парад суверенитетов».
7 февраля 1990 года Центральный Комитет КПСС объявил об ослаблении монополии на власть, в течение нескольких недель прошли первые конкурентные выборы. Многие места в парламентах союзных республик получили либералы и националисты.
В течение 1990–1991 годов произошел «парад суверенитетов», в ходе которого все союзные (одной из первых была РСФСР) и многие из автономных республик приняли Декларации о суверенитете, в которых оспорили приоритет общесоюзных законов над республиканскими, что начало «войну законов». Также ими были предприняты действия по контролю над местными экономиками, включая отказы выплачивать налоги в союзный и федеральный российский бюджеты. Эти конфликты перерезали многие экономические связи, что еще больше ухудшило экономическое положение в СССР.
Первой территорией СССР, объявившей независимость в январе 1990 года в ответ на бакинские события, была Нахичеванская АССР. До августовского путча объявили о независимости две союзные республики (Литва и Грузия), об отказе вступать в предполагавшийся новый союз (ССГ) и переходе к независимости еще четыре: Эстония, Латвия, Молдавия, Армения.
За исключением Казахстана, ни в одной из центральноазиатских союзных республик не было организованных движений или партий, ставивших своей целью достижение независимости. Среди мусульманских республик, за исключением азербайджанского Народного фронта, движение за независимость существовало лишь в одной из автономных республик Поволжья — партия «Иттифак» Фаузии Байрамовой в Татарстане, которая с 1989 года выступала за независимость Татарстана.