В 1963 г. митрополит Леонтий вновь встретился с представителями патриархии. На этой встрече стало ясно, что Москва больше не будет настаивать на полном подчинении и готова всесторонне обсудить все вопросы. Смерть Леонтия помешала осуществлению этого намерения, но встречи между Московским патриархатом и Северо-Американской митрополией продолжались на неформальном уровне. В 1969 г. состоялось несколько встреч в Нью-Йорке, Женеве и Токио, в результате которых были обобщены принципы объединения. При этом было определено, что статус тех приходов, которые не захотят стать частью новой автокефальной церкви, останется открытым. Также предусматривалось, что приходы в Америке, находившиеся в ведении Московской патриархии, войдут в Американскую автокефальную церковь. При желании прихожан или настоятеля некоторые могли подчиняться напрямую Москве. Это было большой, если не самой главной, уступкой друг другу. Такие приходы рассматривались как временные, до полного и постепенного вхождения их в православную церковь Америки.
В сентябре 1969 г. Большой собор епископов митрополии одобрил эти соглашения. После этого прошли епархиальные съезды по всей Америке, на которых мнения иерархов разделились.
Автокефалия означала, что православная Америка получала статус, равный всем поместным православным церквам, имела голос на общеправославных соборах Вселенской церкви. Предоставляя ее, Московская патриархия отказывалась от каких-либо особых прав на американском континенте. Она оставляла за собой лишь подворье в Нью-Йорке (Свято-Николаевский собор на 98-й ул.). Патриархия не имела права открывать свои приходы и назначать новых священников. 18 мая 1970 г. на заседании Священного Синода патриархии в Москве был совершен акт вручения Патриаршего и синодального томоса об учреждении Автокефальной православной церкви в Америке. Добровольно остались в каноническом подчинении патриарха Московского и всея Руси следующие церкви и приходы на тихоокеанском побережье Северной Америки: монастырь Св. Димитрия в Белфлауэре (Калифорния), Свято-Николаевский собор в Сан-Франциско, храм во имя Всех Святых, в земле Русской просиявших, в Сан-Франциско и церковь Казанской иконы Божией Матери в Сан-Диего (Калифорния). Всего по Америке насчитывалось 43 прихода и клира, изъявивших желание подчиняться Москве.[104]
Появление новых епархий, переход некоторых приходов в другие юрисдикции вызывал много вопросов у рядовых прихожан. Несмотря на противоречия, Американская православная церковь стремилась наладить нормальные отношения с РПЗЦ, нередко проводились совместные службы. Разногласия в основном не касались веры, а носили идеологический характер. РПЗЦ, в частности, придавала большое значение монархическому движению, считая его наиболее патриотическим. Американская митрополия не брала на себя таких функций.
Противоречия существовали почти во, всех крупных русских общинах. К примеру, из Свято-Спиридоновского прихода в Сиэтле отделилась группа прихожан, которые основали Свято-Николаевскую церковь РПЗЦ. Несмотря на то что оба прихода испытывали огромные трудности в строительстве зданий церквей, неоднократные попытки объединиться не принесли результатов. Таких примеров можно привести десятки. Многие верующие с огорчением воспринимали распри, возникавшие время от времени в разных штатах Америки.
Такая ситуация не могла не привести к кризису православия, которому способствовали и другие факторы. Наиболее важным надо считать постепенный уход из жизни старшего поколения русской диаспоры. С течением времени церковные службы стали вестись на английском языке. Повсеместно наблюдалось охлаждение религиозных чувств у молодежи. С середины 1960-х годов кризис начал расширяться, и приходы все более стали играть роль своеобразных клубов. Часто до службы или после нее в них можно было видеть прихожан, беседующих на разные темы. К 1970 г. 80 процентов верующих Американской православной митрополии и не менее 65 процентов ее духовенства являлись американцами по рождению и по языку.