Барклай отвечал этим требованиям, он был честен, смел, прямодушен и обладал широкими познаниями в военном дело. Александра при встрече с Барклаем могли интересовать как его личные впечатления о минувшей кампании, так и его воззрения на самое существо и формы ведения войны о Наполеоном. Присутствовавший при встрече Барклая с царем Баталин называет лишь одну тему, затронутую в разговоре. Александра интересовало подробное описание хода сражения при Прейсиш-Эйлау и анализ всего там происшедшего. Баталин не упоминает о том, высказывал ли Барклаи царю хотя бы самые общие, самые предварительные соображения о возможных новых стратегических принципах в борьбе с Наполеоном. Царь интересовался, не нужна ли Барклаю материальная помощь, на что последний ответил, что ни в чем не нуждается. На самом же деле Барклаю при отъезде из Мемеля нечем было расплатиться за квартиру, и он ждал от своего двоюродного брата — бургомистра Риги — денежного перевода. После ухода царя жена тут же стала пенять Михаилу Богдановичу, «зачем он не признался в своем бедственном материальном положении».
А положение Барклая и впрямь было незавидным. Не имея крепостных, усадьбы и земли, он жил лишь на жалованье, которое при его большой семье оказывалось недостаточным. Еще в 1801 г. Барклаю царем была обещана аренда земли за государственный счет, но вопрос этот долго не решался. В 1802 г. лифляндский военный губернатор писал, что Барклай-де-Толли до сих пор не пользуется арендой и «но неимуществу своему даже детей своих воспитать, как должно, не в состоянии».
В июне 1803 г. Барклай просил о воспомоществовании. «Никогда не стал бы утруждать и просить милости монарха, — писал Барклай, — коли совершенное мое неимущество меня к тому не принуждало. Не имея никакого собственного имения, не могу я достичь желаемой цели — воспитание малолетних моих детей, и сверх того, чувствуя от понесенных в войне трудов приближение старости моей, беспокоит меня то жалостное состояние, в котором я, может статься, и скорости должен буду оставить жену и детей моих».
После визита царя к Барклаю дела его переменились к лучшему. То ли Александр вспомнил о прошении Барклая, то ли выяснил у своих чиновников, каково подлинное состояние генерала, отказавшегося от всякой помощи, но в тот же самый день Барклай получил звание генерал-лейтенанта и был награжден сразу двумя орденами — Анны I класса и Владимира 2-й степени.
Орден Анны I класса — темно-красный крест из «рубинового» стекла с девизом «Любящим справедливость, благочестие и веру» — вручался вместе с серебряной звездой и красной лентой с желтой каймой.
Орден Владимира представлял собой золотой крест на шею, и к нему давалась еще серебряная звезда с девизом «Польза, честь и слава». Тогда же любимый полк Михаила Богдановича — 3-й егерский был награжден серебряными трубами. Именно после этого визита карьера Барклая стремительно пошла вверх. Царь надолго сохранил к нему свое расположение, назначив его через три года военным министром.
Однако сразу же вернуться в строй Барклай не мог: раны на руке зажили лишь через год и рука частично лишилась подвижности до конца его дней. Из-за этого изменился и почерк Барклая, сделавшись крупным и неразборчивым.
Пока Барклай лечился в Мемеле, французы и русские на четыре месяца разошлись по зимним квартирам, прекратив военные действия.
17 апреля император и король прибыли в Бартепштайн, в главную квартиру Беннигсена. Пока Александр и Фридрих Вильгельм осматривали войска, министры иностранных дел России и Пруссии бароны Будберг и Гардепбсрг готовили текст предстоящей конвенции.
26 апреля в Бартенштайне была подписана русско-прусская конвенция о союзе, в статье 4 которой Александр I обязался употребить все усилия, чтобы не только восстановить власть прусского короля в областях, занятых французами, но и обеспечить Пруссии территориальные прибавления при заключении мира с Францией. После расставания Александр поехал в Тильзит, Фридрих Вильгельм — в Кенигсберг.
В конце апреля Барклай был назначен командиром 6-й дивизии вместо умершего генерала Седморацкого, и Александр I написал Михаилу Богдановичу: «Я уверен, что сие назначение примете Вы новым знаком моей к Вам доверенности».
Весной 1807 г. Наполеон начал наступление в Восточной Пруссии. 10 июня произошло сражение под Хайльсбергом, которое русские хотя и выиграли, но исход его никак не мог отразиться на общем положении сторон.
В это время цесаревич Константин приехал в Тильзит (ныне город Советск Калининградской области) и стал горячо убеждать Александра в необходимости вступить в переговоры с Наполеоном. Александр оставался непреклонным и приказал цесаревичу возвратиться к армии.