Выговский быстро завоевал авторитет и сделал блестящую карьеру. Принимал участие в кампании 1949 года. Тогда он стал главным вместе с гетманом составителем «Реестра Войска Запорожского 1649 — начала 1650 годов». Этот же документ говорит о Выговском уже как о генеральном писаре. Новый генеральный писарь выступает даже как соавтор нескольких важных универсалов Богдана Хмельницкого, нередко сам пишет их с согласия гетмана.
За короткое время Выговский создал мощную и высокоэффективную Генеральную канцелярию. Это учреждение было фактически Министерством иностранных дел и одновременно — внутренних. Оно стало тем самым генератором, который согласно воле гетмана и для Войска Запорожского приводил в движение многочисленные механизмы государственной машины. Сюда приходила военно-политическая информация со всех концов Украины и из зарубежных государств, здесь принимались и отсюда отправлялись многочисленные посольства, согласовывались важные решения, которые вместе с военными победами определяли судьбу Украины. Чтобы создать такой мощный государственный аппарат и управлять им, необходим был огромный талант администратора и политика.
Он был опытным политиком, умелым администратором и дипломатом, храбрым и талантливым военачальником. И все же он уступал Богдану Хмельницкому, хотя умел гибко проводить центристскую линию, особенно в острых социальных вопросах. Тем не менее переход булавы к Выговскому пришелся на сложный период, когда международное и внутреннее положение Украины ухудшалось буквально на глазах.
В 1658 году гетман столкнулся с мощной оппозицией правящей казачьей элите, которая всецело поддерживалась Москвой. Вначале ему удалось разгромить оппозиционеров, во главе которых стояли полтавский полковник Мартын Пушкарь и кошевой атаман Яков Барабаш. Увидев крах первой оппозиции, Москва все сильнее вмешивается в украинские дела, пытаясь установить контроль над происходящими на Украине процессами. Напомним, что российско-польская война продолжалась, и Москве очень не хотелось, чтобы Украина стала союзником Варшавы.
В 1658 году гетман подписал с Речью Посполитой Гадячский договор. Основные позиции этого документа: Создание «Княжества Русского» в составе Черниговского, Киевского и Брацлавского воеводств (казацкие послы первоначально требовали включения также Русского (с центром во Львове), Волынского, Белзкого, Подольского воеводств).
Княжество Русское должно было управляться казачьим гетманом, избираемым пожизненно из четырех кандидатов, представленных казаками и утвержденных польским королем.
Создание в Княжестве Русском собственных государственных структур, должностей канцлера, маршала, подскарбия, судов, собственной юридической и финансовой системы (в том числе монетного двора).
Княжество должно быть связано с Речью Посполитой общим королем. Общим должен быть также парламент (Сейм) и внешняя политика.
Православная церковь должна получить равные с католической права. Греко-католическая (униатская) церковь в княжестве сохранялась, но не могла распространяться на новые территории.
Православная Киево-Могилянская коллегия должна получить статус академии, равный статусу Краковского университета; должно быть создано еще одно высшее православное учебное заведение; кроме того, должно быть создано необходимое количество школ и типографий.
В польский Сенат должны войти высшие иерархи Православной церкви: архиепископ (митрополит) Киева и другие православные епископы (Луцкий, Львовский, Перемышльский, Холмский, Мстиславльский).
Казацкая старшина должна войти в состав шляхты. В год гетман мог представлять королю по 100 человек в каждом полку на получение наследственного дворянства.
Создание казацкого войска. Численность реестровых казаков должна составлять 30 000 человек. Командиры в казачьих войсках должны быть выборными. Казацкое войско должно дополняться наемными войсками численностью 10 000 человек, оплачиваемыми из налоговых поступлений. Введение иных войск Речи Посполитой на территорию княжества без согласия гетмана в мирное время не допускалось; и даже во время войны эти войска поступали под командование гетмана.
Земли и имущество шляхты, конфискованные во время восстания под командованием Богдана Хмельницкого, возвращались прежним владельцам.
Объявлялась всеобщая амнистия за прежние преступления.