С этого момента реальная власть оказалась в руках молодого государя. За влияние на него (не за возможность руководить страной, а всего лишь влиять на государя!) боролись несколько группировок. Одну можно назвать "церковно-княжеской" (в неё входили самые разные силы — от митрополита до князей Шуйских и Бельских и их сторонников). Другая — все та же "северная" во главе с неизменными Зерновыми и Сабуровыми (примечательно, что в ней на первые роли выдвинулись совсем другие люди — князья Серебряные и князья Воротынские). Имелась также "южная" группировка, возникшая стараниями князя Шкурлятева-Оболенского (в неё он с переменным успехом пытался собрать своих многочисленных родственников, но вражда между ними не давала им объединиться — в частности Кашины-Оболенские оставались непримиримыми врагами Лыковых-Оболенских). И, наконец, последней из сил была немногочисленная, но очень активная группа Захарьиных-Юрьевых с родственниками (в первую очередь — с супругой царя).
Ближайшее окружение Ивана Московского сформировали представители разных сил. Так священник Сильвестр был человеком патриарха, а Алексей Федорович Адашев был приближен к царю стараниями Сабуровых (он происходил из костромского рода Ольгиных, давно и прочно связанного с "северянами"). Однако, оба они моментально начали проводить собственную линию, фактически создав собственную группировку. В течение нескольких лет именно она была наиболее верна Ивану Четвертому.
После коронации и свадьбы Иван резко активизировал казанскую политику. Уже летом 1547 года началась подготовка очередного похода на Казань. Этот поход (первый поход проведенный по воле молодого царя) был организован отвратительно. Сбор главных сил затянулся на два месяца и войска вместо декабря 1547 года выступили только в конце января 1548 (артиллерия и того позже — только в феврале). Лед на Волге уже начинал таять и армию распустили. Более удачными были действия южного отряда, под руководством Шах-Али и лучших русских воевод — князей Воротынского и Горбатого-Шуйского. Их войско в начале февраля смогло достичь Казани и осадить её. Но, не дождавшись подхода главных сил, через две недели Муромский князь принял решение отходить.
Эта неудача не обескуражила Ивана Московского, и он продолжил войну. Остаток 1548 и большая часть 1549 годов были потрачены на масштабные реформы. Создавался новый род войск (стрельцы — по образцу турецкой пехоты), реформировалась поместная конница, развивалось огнестрельное оружие (в первую очередь — осадная артиллерия). В 1549 году был созван первый Земский Собор, шло написание Судебника (эти два шага влияли на боевые действия не напрямую, а через изменение всего государственного устройства).
В результате поход 1549–1550 годов был организован намного лучше. Войска собрались своевременно, вовремя вышли к Казани и начали её осаду. В ходе артиллерийских обстрелов были уничтожены многие казанские военачальники. Однако, начинавшаяся распутица вынудила русских отступить.
Эта война выявила тупиковую ситуацию в войне. Действуя традиционными методами, ни одна из сторон не могла одолеть другую. Московское руководство было вынуждено пойти на пересмотр стратегии.
В результате следующий казанский поход был проведен летом и в нем был применен необычный ход — возведение Свияжска (крепости построенной под Угличем, а затем сплавленной к Казани), который стал главной базой русских войск в этой и последующих войнах. В результате московские силы смогли провести длительную двухмесячную осаду Казани, которая завершилась успехом. В конце июня 1551 года непримиримые противники Москвы из числа казанских мурз попытались вырваться из города, но были перехвачены полком Правой руки (во главе с князем Горбатым-Шуйским) и захвачены в плен (впоследствии большую часть из них казнили). После этого начались мирные переговоры.
Шестого июля 1551 года казанский князь Бибарс Растов и князь Муромский Шах-Али договорились о двадцатидневном перемирии. В начале августа братья Бибарс и Енбарс Растовы договорились с Шах-Али и Петром Серебряным подписать мирный договор на условиях выдачи всех русских полоняников и признания новым Казанским ханом князя Муромского. Однако, 10 августа на церемонии подписания мирного договора московские представители объявили, что Горную сторону ханства (правый берег Волги) Москва отныне считает своей территорией, как захваченную до начала переговоров. А Казанским ханством считает только левобережье Волги — Луговую сторону. Это заявление стало неожиданным не только для казанских послов, но и для Шах-Али. Даже князь Серебряный, озвучивший это требование, узнал о нем только в этот день.