В общем, все материалы следствия говорили о том, что Новиков был сравнительно маловажной фигурой в масонской иерархии. И тот факт, что главный удар пришелся именно по нему, свидетельствует о сложной интриге, затеянной против него самими масонами из ближнего окружения императрицы. Понимая, что удара не избежать, масонские конспираторы решили отвести его на второстепенное звено своей цепи, уничтожив одновременно один из центров русского просвещения. Механизм этой интриги требует еще специального изучения. Очень характерно, что в деле о масонстве не пострадал ни один высокопоставленный масон, ни один из руководителей масонских орденов. А имена их хорошо известны следствию. Это тем более удивительно, что царице было доложено, что в берлинских ложах 1790–1791 поднимался вопрос о замене царствующей особы на русском престоле. В интриге этой были замешаны и русские масоны, пытавшиеся воспользоваться тяжелой военно-политической обстановкой в Европе для захвата власти в России. Дело против Новикова затеяно при участии московского генерал-губернатора гр. Я. А. Брюса, известного своей принадлежностью к масонским ложам.
Большую роль в осуждении Новикова сыграл донос крупного масонского функционера кн. Г. П. Гагарина, руководителя многих лож, великого мастера Великой провинциальной ложи, префекта капитула Феникса. Кстати, это не помешало ему занимать руководящую масонскую должность и в начале XIX века.
В общем, посадив в Шлиссельбургскую крепость Н. И. Новикова и отправив в ссылку некоторых его соратников, императрица как бы поставила точку на этом деле. Реально никто из масонов не пострадал, сохранялась сложная сеть масонских лож, которые продолжали свою подпольную деятельность, зато был уничтожен до основания один из центров русского просвещения. Поэтому можно согласиться с выводом исследователя Макогоненко, что Новикова преследовали «не за масонство, а за огромную… просветительскую деятельность, которая стала крупным явлением общественной жизни восьмидесятых годов».
Просидев четыре года в крепости, не получая никакой помощи и забытый своими «братьями», Новиков многое понял. И прежде всего то, что он стал заложником тайных политических интриг вольных каменщиков.
Выйдя из крепости, Новиков резко дистанцировался от масонских структур, хотя нигде и не объявлял об официальном «разводе» с ними, понимая, чем это может ему грозить. В свою очередь, масонские руководители находили для себя выгодным эксплуатировать образ Новикова как «невинного мученика за масонскую идею», не признаваясь в том, что он от них практически отошел. Об этом, в частности, свидетельствует переписка Новикова с Д. П. Руничем. Из ответа Новикова на письмо Рунича от 1808 видно, что Рунич высказывал намерение не сближаться в Москве ни с кем из масонов. Новиков одобрительно к этому отнесся, предлагая Руничу свое дружеское участие.
Отойдя от масонства, Новиков прожил еще почти четверть века. В Авдотине он построил каменные избы для крестьян. Многие из них существуют до сих пор, местные их называют «связям». Каждая изба была построена из местного камня и была рассчитана на четыре семьи. В каждом доме было четыре двери, ведущие через сени в отдельные комнаты, по размерам не уступавшие обычной крестьянкой избе.
По рассказам стариков (1979), свой старый большой дом, в котором проходили масонские сборища, Новиков приказал разобрать и построить новый на другом месте. Были закрашены масонские росписи в церкви. Масонские книги, облачение и ритуальные предметы бросили в костер. Остаток своих дней Новиков провел со своим другом Семеном Гамалея, тоже бывшим крупным масоном. Оба они похоронены в Авдотьинской церкви.