Монахи знаменитой Троице–Сергиевой лавры видели на своем веку немало усердных богомольцев, но, видимо, молитва молодого странника–псаломщика, пришедшего сюда в начале 1620–х годов, была особенно горяча, чем и привлекла их особое внимание. Один из монахов был особенно поражен искренностью и напряженностью этой глубокой, сопровождаемой слезами молитвы, сжалился над молодым псаломщиком, расспросил о его горестях и о причине слез и пустил переночевать в монастырь. На следующий день он отвел его к самому настоятелю, архимандриту Дионисию. Молодой Иван Неронов, так звали этого псаломщика, видимо, произвел на архимандрита тоже очень хорошее впечатление. Дионисий взял его под свое покровительство, “повеле пребывати в своей келии”[7] и сделал его своим служкой. По данным его жития, Неронов родился приблизительно в 1590 году в небольшом скиту св. Спаса “на Лому”, в “шестидесяти поприщах” от северорусского города Вологды. В те времена эта часть России называлась Заволжьем и с конца XIV века была известна своими монастырями и скитами, основанными выходцами из монастыря Святой Троицы, нынешней Троице–Сергиевой лавры, основанной преподобным Сергием Радонежским. В течение всего XV и XVI веков, монахи этих заволжских монастырей и скитов, обычно известные как заволжские старцы, были известны не только своей умосозерцательной жизнью и мистической традицией, но и пионерской работой по заселению и освоению русского Севера. К числу таких упорных в труде и молитве и строгих в своей личной жизни монахов, видимо, и принадлежал старец Игнатий, основавший скит святого Спаса. Его скит постепенно разросся в небольшое поселение, в которое пришли и родители Ивана Неронова. Поскольку старец Игнатий позволил новым поселенцам селиться возле его скита и не уходил от них, можно предполагать, что он, основывая свой скит, хотя и искал покоя от мирских бурь, но все же продолжал любить людей и был рад помочь им своим опытом и словом духовным.
Во время жительства в своем родном скиту и по всей вероятности под влиянием примера о. Игнатия, своих родных и соседей у Неронова развились две важные черты характера: нравственно–аскетическая твердость и чувство неразрывной связи с людьми и миром. В годы Смуты или сейчас же после Смуты в скиту погибли его родные, и Иван, вскоре оставив скит, направился в Вологду [8]. Его семья скорее всего погибла после нападения одной из тогда частых бродячих банд поляков, литовцев или запорожцев, которые во время и после Смутного времени грабили и убивали население почти что во всех областях России. Так, например, в 1612 году банда запорожцев и поляков напала на Вологду, перебив здесь 37 священников, 6 дьяконов и 6 монахов[9]. Приход Неронова в Вологду оказался неудачным. На улице он встретил группу переодетых ряженых, которые по старому, скорее языческому, чем христианскому обычаю весело проводили предрождественские дни. Воспитанный в строгом уважении праздников, “отрок Иоанн разжегся духом и начал обличать с дерзновением” ряженых, среди которых, между прочим, были и епископские слуги. Недовольные замечаниями и упреками юноши епископские слуги избили его… Трудно сказать, действительно ли моралистическая карьера проповедника началась для Неронова со столкновения с мало почитающими церковные праздники епископскими слугами или же его биограф нарочно ввел в житие эту характерную деталь с антииерархическим привкусом… Во всяком случае это столкновение было вполне в стиле дальнейшей жизни Неронова и символически освещает его будущую деятельность. К сожалению, сведения о ранних годах жизни Неронова не могут быть проверены, так как единственным материалом, характеризующим жизнь этого времени, является его житие[10].