Приглашение западнорусских ученых вызывает в Москве не меньше смущений и опасений, чем появление греческих монахов, так как многие москвичи сомневались в правоверности киевского православия. Правда, к середине XVII века русская православная церковь в Польше и Литве уже прошла самый суровый период католических преследований, но зато церковная культура и церковная школа Украины и Белоруссии попали под сильные западные, чуждые православному духу влияния. Когда в 1620 году после шестнадцати лет перерыва западнорусской церкви удалось восстановить иерархию и воссоздать епископат, то первым митрополитом этой обновленной церковной иерархии стал Иов Борецкий (1620—1633), твердый сторонник православной традиции и тесной связи с Москвой, куда он неоднократно обращался за моральной поддержкой и помощью. Он стремился даже к объединению Западной Руси — нынешней Украины и Белоруссии — с Русским государством. Посланный им в 1624 году в Москву епископ Исаак Луцкий откровенно заявлял царю и патриарху, что “мы все, западноруссы, под государеву руку хотим”. Сам же митрополит писал царю, прося его освободить от еретиков–поляков всю Южную Украину и Западную Русь — “российского племени единоутробные земли”[147]. Такие же голоса слышались и от других епископов, как, например, Исайи Копинского, запорожских казаков[148] и бесчисленных эмигрантов–монахов, светского духовенства, крестьян и дворян, бежавших от польских преследований на московские земли. Положение православного духовенства в западнорусских землях в 1620–х годах продолжало оставаться очень тяжелым, так как поляки не признавали православной иерархии, отбирали церкви, закрывали монастыри, арестовывали и убивали вождей православия в Западной и Южной Руси.
Смерть фанатичного католика короля Сигизмунда, последовавшая в 1632 году, значительно переменила положение. Стараясь приобрести для выборов в короли поддержку православного населения, королевич Владислав, сын Сигизмунда, решил идти на некоторые уступки. Православной церкви было обещано юридическое признание ее прав, прекращение гонений и возвращение конфискованных имуществ. После восшествия на польский престол Владислав сдержал свои обещания, хотя, правда, часть епархий была разделена между православными и униатами, а не целиком возвращена православным[149]. Но зато в организации самой церкви вместо бескомпромиссных и твердых сторонников православия главное место заняли сторонники сговора с Польшей — лица, бывшие продуктом западного католического, а не русско–православного воспитания и культурной ориентации. Кандидат этих православных сторонников компромисса, Петр Могила, был избран митрополитом, несмотря на то что на митрополичьем престоле все еще сидел митрополит Иов Борецкий. Похитив при совершенно недостойных духовного лица обстоятельствах верного старой православной традиции правительствующего митрополита Иова Борецкого, Могила, этот сторонник сотрудничества с католиками–поляками, захватывает в свои руки управление западнорусской церковью.
Разрыв Петра Могилы со старой традицией бескомпромиссной верности православному Востоку., и отстаивания русской культуры и церкви в Польше от католического влияния начало новую эру в жизни Западной Руси. Этот новатор в вопросах школы, культуры и даже церковной ориентации, собственно, был молдаванином, а вовсе не русским; попал он на киевский митрополичий престол только благодаря большой ловкости, поддержке поляков и умению приобрести союзников среди тех элементом населения русского края, которое за материальные выгоды готово было забыть, что они “российского племени единоутробные” сыны. Несмотря на православное воспитание в детстве, Могила провел свою юность и молодость в ополяченной русской или чисто польской среде, долго жил у гетмана Жолкевского, воспитывался в католических школах и вырос скорее поляком православного вероисповедания, но католической культуры, чем православным русским.