Своей личной строгой жизнью, посвящением большего числа священников и дьяконов, посещением больниц, тюрем и богоугодных домов, приглашением на трапезы бедных и странников патриарх показывал пример другим иерархам и низшему духовенству. Помощь бедным и больным, столь характерная для работы боголюбцев, была заметной чертой и в деятельности Никона. Судя по расходным книгам патриаршего приказа, ни один глава русской церкви не оказывал столько помощи нуждающимся, как Никон. Он раздавал милостыню при каждом выходе и даже посылал деньги для улучшения пищи заключенных. Он нередко заходил в тюрьмы при Разбойном и других приказах, в Черную палату, оделяя заключенных едой и одеждой, заступаясь за невинных перед судом. Им были построены дома для инвалидов и стариков, а в годы голода и эпидемий он широко организовывал помощь пострадавшим. Нередко за его стол садилось свыше двухсот нищих и калек[17].
Очень много внимания обращал Никон на строительство и улучшение уже существующих церквей и монастырей[18]. На Валдае, в своей бывшей новгородской епархии, он создает большой монастырский центр, обитель Божьей Матери Иверской, который вскоре превратился в один из самых богатых и цветущих монастырей России. По просьбе патриарха царь передал в ведение монастыря десятки сел с тысячами крепостных крестьян[19].
Оставаясь верным стремлениям боголюбцев повысить нравственность и благосостояние народа, патриарх продолжал борьбу с пьянством, бывшим одним из важнейших социальных зол России. Во время управления новгородской епархией он в этом отношении приобрел значительный опыт и теперь предложил правительству новую программу. Он указал, что потери от налогов по продаже алкоголя с успехом покроются доходами от вывоза хлеба, который будет сэкономлен от уменьшения винокурения. Под его давлением уже через семнадцать дней после его поставления в патриархи, 11 августа 1652 года, был издан указ, ограничивавший и даже совершенно запрещавший продажу водки по праздникам и некоторым постным дням. На каждый город оставлялся только один питейный дом, но и в нем продажа ограничивалась одной бутылкой на человека. В небольших деревнях питейные дома были совсем закрыты и продажа водки монахам и духовенству была запрещена[20]. Через четыре недели новый указ запрещал открывать новые и предписывал закрывать уже существующие кабаки в вотчинах и поместьях, и в результате этих указов деревня должна была быть почти что совершенно очищена не только от питейных домов[21], но и от ростовщиков, так как содержатели кабаков нередко сами одалживали крестьянам деньги для покупки водки.
Не менее энергично боролся Никон с возможным проникновением иноверных влияний и секуляризационных идей в среду русского народа, продолжая политику изоляции масс русского населения от иностранцев, уже начатую боголюбцами и Вонифатьевым.