Взгляды протопопа на царя, Московское царство и на проблему Антихриста были во всем подчинены его отношению к “никонианской” церкви, которое было в значительной степени двойственным. У него, конечно, не было ни малейшего сомнения, что все “никониянские” новшества были ошибочны и пагубны для церкви и что, согласившись на них, сами иерархи русской церкви поддались влиянию злых сил и впали в ересь. “Столпи поколебашася наветом сатаны, патриархи изнемогоша, святители падоша и все священство еле живо, — Бог весть, — если не умроша”, — писал он царю Феодору в своей челобитной 1676 года. “Никонияньский дух, дух самого сатаны”, — указывал протопоп; сам Никон был для него “шишь антихристов”, и поддерживание отношения с “никониянами”, которых он был готов перерезать, “как мерзких и студных жеребцов, что собак” (458), было в его глазах вредным и опасным для души делом. “Не водись с никонияны, не водись с еретиками: враги они Богу и мучители християном, кровососы, душегубцы” (723); “лучше принять чувственного змия и василиска в дом, нежели никониянская веры и учения” (957); “да не молитися с еретики вкупе и в церкви, или в домех их” (723); “паче прежних еретик никонияне… блюдитесь от злых деятелей, не принимайте в дом свой никониян собак” (820, 825, 826, 832, 839 и т. д.), — постоянно повторяет он в своих посланиях. Аввакум, конечно, запрещает обращаться к священникам, признавшим новые книги и оставшимся верными церковному руководству. Но он все же не делает из этого вывод, что благодать безвозвратно и окончательно иссякла в православной церкви. Присоединившись в 1668 или 1669 году в “Ответе православных” к мнению дьякона Феодора о недействительности новых, сделанных после 1654 и особенно после 1666 года рукоположениях священников, Аввакум впоследствии переменил свое мнение. Ему, конечно, было не по душе констатировать вместе с дьяконом и с Авраамием только агонию церкви. Наоборот, ему казалось необходимым не теряя времени строить и укреплять общество последователей старого благочестия, которое бы сохранило традицию и предание православия до тех пор, пока истинно православный царь снова не сделает Русь Третьим Римом.
В своем послании к “Рабом верным”, написанном, по сведениям известного старообрядческого историка и библиографа Павла Любопытного, в том же 1669 году, то есть почти что одновременно с посылкой “Ответа” в Москву, Аввакум разрешает стоим детям духовным не только ходить в те церкви, в которых новопоставленные священники служат по старым книгам, но и позволяет им брать такого священника в духовники: “А иже в православных церквах, где пение [церковная служба] без примеси внутри олтаря и на клиросах, а поп новоставленный, о том посудит. Аще он поп проклинай никониян и службу их, и всею крепостью любит старину, по нужде настоящего времени, да будет поп! Как же миру быть без попов? К тем церквам приходить!” (826). Позже в послании к отцу Ионе, которое датируется 1676—1680 годами, Аввакум делает оговорку, что все же такие новые попы могут служить все службы, кроме литургии, так как “страшно бо дело се и чистых рукополагаемых”. Но он все же делает исключение для тех “новых” священников, которые кровь свою излиют за старое благочестие и тем добавочно освятятся Высшим рукоположением, и “будет оттоле поп совершен: литоргисав, и причащает невозбранно” (892). Трудность найти таких священников, которые пострадали за веру и все же остались на свободе, заставляет его снять и это ограничение, и он заменяет это мученичество добавочным покаянием: “Чаю, егда новик [то есть священник нового рукоположения после 1666 года] оплачет себя стонаше, призовет духовное действие и в комкании” [комкание — причастие, от латинского communicatio][255]. Наконец, Аввакум признавал действительным и крещение, совершенное даже “не раскаявшимися никониянскими попами”, но советовал после этого прочитать добавочные молитвы, но не перекрещивать таких младенцев (943). Вопрос нового священства и признания действительности совершаемых ими таинств остался для Аввакума все же наиболее трудным, и нередко он дает несколько противоречивые советы в разных посланиях, даже написанных, видимо, в одно и то же время, что и не было удивительным ввиду сложности положения старообрядцев.