"При открытии военных действий на Дальнем Востоке Департамент полиции при посредстве чиновника особых поручений при министре внутренних дел Мануйлова стал пытаться организовать правильное наблюдение за представителями японского правительства в западноевропейских государствах, и уже в феврале месяце благодаря полному содействию начальника французской секретной полиции Кавара и начальника Разведочного бюро при Министерстве внутренних дел Моро удалось получить копии всех телеграмм японской миссии в Париже, а также, ввиду существующей во французском Бюро секретной агентуры в японской миссии, г-н Мануйлов регулярно стал получать значительное количество документов из парижской миссии. Затем, по предположению французской полиции, г-н Мануйлов расширил свою деятельность и установил правильное наблюдение при посредстве домашней прислуги в японских миссиях в Лондоне и Гааге". В итоге только до конца июля было добыто более 200 японских документов.
В октябре 1904 г Манасевич-Мануйлов был вновь командирован в Париж с заданием "организовать разведочное бюро в Вене и Париже по наблюдению за действиями японцев" и по разработке грузинского революционера-эмигранта Г. Г. Деканози, подозреваемого в шпионаже в пользу Японии. Русским военным атташе во Франции, Италии и Австрии предписывалось оказывать ему "возможное содействие и помощь". По мнению современного исследователя, "речь, таким образом, шла о развертывании самостоятельного агентурного наблюдения за японскими дипломатами в Западной Европе, что, однако, не означало прекращения сотрудничества Департамента полиции с французскими специальными службами. Необходимость учреждения новой агентуры была вызвана еще и тем обстоятельством, что действовавшая в Западной Европе заграничная агентура Департамента полиции многие годы наблюдала за русской революционной эмиграцией, и осуществление "военных разведок", по признанию ее заведующего, было для него делом совершенно "необычным"… Выбор Мануйлова для этой цели объяснялся его опытом работы во Франции, а главное — успехами возглавлявшегося им Отделения по розыску о международном шпионстве. Уже в сентябре 1904 г. он… был неофициально признан "заведующим японскими делами" департамента".
В Париже Манасевич-Мануйлов (при содействии дружественных француских спецслужб, предоставивших ему возможность использовать своих агентов, ранее завербованных в японских миссиях, а также с помощью привлеченных им самим к сотрудничеству новых источников информации) смог получить доступ к переписке послов Японии во Франции, Англии и Голландии с министром иностранных дел, донесениям в Токио военных и морских атташе из Парижа и Берлина, документам японских консульств в Амстердаме и Марселе. К лету 1905 г. "агентура" Мануйлова, состоявшая из 10 французов, давала информацию о шведской, сербской, китайской и английской миссиях в Париже, румынском и китайском посольствах в Лондоне, японской и английской миссиях в Брюсселе, германской — в Мадриде и японской в Гааге. "Кроме того, выполнялись разовые поручения департамента и продолжались тесные контакты с французской секретной полицией, по-прежнему снабжавшей Мануйлова копиями телеграмм японских дипломатов".
Наблюдая за грузинским эмигрантом Деканози, Манасевич-Мануйлов "вышел" на японского разведчика, бывшего военного атташе в Петербурге М. Акаси и установил его связи с русскими либералами (в частности, кадетами; восклицания членов "Союза меча и орала" из "12 стульев": "Кадеты Финляндию продали, у японцев деньги брали…" ближе к действительности, чем кажется читателям) и эсерами.
Служебные успехи Манасевича-Мануйлова были вознаграждены орденом Св. Владимира IV степени. В то же время новое руководство Департамента полиции не согласилось с его предложениями об учреждении "наблюдения" в важнейших западноевропейских портовых городах, (поддержанными послом в Париже А. И. Нелидовым. 28 июля 1905 г. Ивану Федоровичу было приказано вообще "ликвидировать дела по возложенным на него поручениям" и вернуться в Россию. В итоге после назначения генерала Д.Ф. Трепова товарищем министра внутренних дел и П.И. Рачковского — заведующим политической частью Департамента полиции Манасевич-Мануйлов был освобожден от своих обязанностей и откомандирован в распоряжение председателя Совета министров графа С.Ю. Витте. 1 сентября 1906 г. он был уволен в отставку, после чего занимался журналистикой в "Новом времени" и "Вечернем времени".
Затем карьера пошла на спад и даже 21 января 1910 г. по распоряжению товарища министра внутренних дел и командира Отдельного корпуса жандармов генерала П.Г. Курлова у Манасевича-Мануйлова был произведен обыск в виду поступивших сведений о его контактах с В.Л. Бурцевым и продаже ему секретных документов Департамента полиции, но обыск оказался безрезультатным и дальнейших последствий не имел.