Само собой разумеется, что после объявления российского императора великим магистром главная резиденция Мальтийского ордена располагается в Санкт-Петербурге, в бывшем воронцовском дворце, где проходят собрания российского великого приорства. По распоряжению Павла на Каменном острове построили странноприимный дом и католическую церковь, освятив её именем св. Иоанна Крестителя. Здесь же размещалась канцелярия ордена, казначейство и квартиры для командированных в столицу Российской империи руководителей различных «языков».
Влияние великого приора Юлия Литты к этому времени достигло вершины, что он и постарался использовать в личном плане. Во-первых, он добился титула российского графа и штатгальтера (заместителя) великого магистра (нелишне заметить: с годовым содержанием в 10 тысяч рублей). Во-вторых, по ходатайству Павла I Литта был удостоен беспрецедентного разрешения папы римского на заключение брака с богатой русской дамой, вдовой графиней Скавронской, племянницей Григория Потёмкина. Причём, несмотря на обет безбрачия, Литта не покинул орден, сохранив все свои титулы и регалии. В-третьих, Литта позаботился о друзьях и близких. Так, его родной брат, папский нунций Лаврентий, получил при великом магистре Мальтийского ордена какую-то странно звучащую, но приносящую 10 тысяч рублей в год должность. А французские рыцари, друзья Литты, обрели синекурные посты: де ла Хусайе стал начальником канцелярии ордена, а де Витри – директором пенсионной платы госпитальеров.
Тот факт, что граф Юлий Литта, чужеземец, вознёсся на такие высоты и был обласкан монаршей милостью, не мог не вызвать зависти при дворе. Самым опасным врагом процветавшего штатгальтера стал 35-летний граф Фёдор Васильевич Ростопчин, директор коллегии иностранных дел и великий канцлер Мальтийского ордена. И вот ему удалось доказать подозревавшему всех и вся Павлу I, что братья Литта злоупотребляли интересами императора к ордену и что оба они, особенно граф Юлий, не только использовали орден в корыстных целях, но и возводили всяческие препоны на пути к утверждению католической церкви в России. Литта были удалены от двора и отстранены от должностей. Фельдмаршал, бальи граф Николай Иванович Салтыков стал штатгальтером, а секретарь Литты командор де ла Хусайе – вице-канцлером Мальтийского ордена.
После смерти Павла I, который всё же, по словам шведского дипломата Г. Армфельда, «с нетерпимостью и жестокостью армейского деспота соединял известную справедливость и рыцарство в то время шаткости, переворотов и интриг», существование в России ордена иоаннитов стало делом практически бесперспективным. Как отмечает Е. П. Карнович, вокруг этого военно-монашеского учреждения сосредоточились в царствование Павла все главные нити нашей внешней политики, и дела ордена вовлекли Россию в войну сперва с Францией, а потом с Англией (здесь исследователь конечно же, преувеличивает роковую роль рыцарей с Мальтийского архипелага в истории России). Император Александр I посчитал необходимым освободиться от двусмысленного положения, в которое ставило его соединение сана великого магистра с титулом русского императора.
Уже на четвёртый день своего пребывания на троне сын Павла I, всю жизнь смертельно боявшийся отца, объявил, что «в знак доброжелательства и особого благоволения» он принимает госпитальеров под своё покровительство, но отказывается возложить на себя титул великого магистра. Александр I обещал в том же указе, что будет оказывать содействие в избрании высшего иерарха ордена и с согласия прочих дворов примет меры по созыву генерального капитула.
Вслед за этим новый император приказал отменить изображение мальтийского креста в российском государственном гербе, а в 1817 г. было высочайше объявлено, что «после смерти командоров ордена св. Иоанна Иерусалимского наследники их не наследуют звания командоров ордена и не носят знаков ордена, по тому уважению, что орден в Российской Империи более не существует». Витиевато, но предельно ясно.
Александр I не предпринимал никаких шагов, чтобы вернуть Мальтийский архипелаг иоаннитам. Хотя по Амьенскому мирному договору между Великобританией и Францией англичане (занявшие Мальту ещё в 1800 г.) были обязаны возвратить острова рыцарству, они не торопились совершать этот шаг. После смерти Павла госпитальеры вновь превратились в странствующих рыцарей, находя пристанище при различных европейских дворах, а сан лейтенанта великого магистра достался после российского императора никому не известному командору Жану Батисту Томази.