А в это время в Европе уже полыхало пламя второй мировой войны. Вскоре, в связи с нападением фашистской Германии на Советский Союз, советские учёные, как и весь советский народ, направили свою энергию на проблемы, непосредственно связанные с войной. На антифашистском митинге учёных, состоявшемся в Москве 12 октября 1941 года, академик П.Л. Капица заявил: «Когда в конце июня наша страна подверглась внезапному нападению гитлеровских банд, все мы, учёные, сразу же решили, что надо отдавать все свои силы, все свои знания нашей стране в её героической борьбе с фашизмом. Одним из важных средств современной войны являются взрывчатые вещества. Наука указывает принципиальные возможности увеличить взрывную силу в 1,5-2 раза. Но последнее время даёт нам ещё новые возможности использования внутриатомной энергии, об использовании которой писалось раньше только в фантастических романах. Моё личное мнение, что технические трудности, стоящие на пути использования внутриатомной энергии, ещё очень велики. Пока это дело ещё сомнительное, но очень вероятно, что здесь имеются большие возможности» [17].
В статье «25 лет советской науки (1917-1942 гг.)», опубликованной в ноябре 1942 года, была ярко отображена деятельность советских учёных в военное время, а также методы их работы. «Разразившаяся в результате вероломного нападения германского фашистского империализма на нашу Родину Отечественная война призвала работников науки в первые ряды борцов за победу над ненавистным врагом, за окончательный разгром гитлеровского государства, фашистской армии и «нового порядка» в Европе. Армию учёных возглавила Академия наук Союза ССР, которая в кратчайший срок перестроила работу всех своих институтов и лабораторий на обслуживание фронта. Пользуясь указаниями и советами военных специалистов, поддерживая тесную связь с работниками промышленности, работники Академии наук включились в напряжённую работу по усовершенствованию имеющихся и созданию новых видов вооружения, по разработке новых систем и типов боевых машин, новых методов производства, расширению сырьевых ресурсов страны… Все силы науки служат одной, единой цели – скорейшего разгрома врага, скорейшего очищения нашей земли от коварных немецко-фашистских захватчиков» [18].
С 30 сентября по 2 октября 1941 года проходило расширенное заседание Президиума АН СССР, посвящённое преимущественно рассмотрению деятельности институтов в условиях военного времени. Академик Е.А. Чудаков указал, что «новый план работ на IV квартал 1941 года был построен с таким расчётом, чтобы всю работу посвятить оборонной тематике и добиться максимальной связи с производственными и оборонными организациями» [19]. За очень короткий срок удалось добиться тесной связи с рядом промышленных предприятий и оборонных заводов. П.А. Светлов в своей информации о состоянии и деятельности институтов биологического, геолого-географического и трёх гуманитарных отделений сообщил, что «тематика и этих учреждений Академии наук в корне изменена. Сделано это потому, что с каждым днём стали заметно расти задания оборонных организаций. Налажена связь с командованием Красной Армии, которое выделяет специалистов для оценки той или иной законченной в Академии наук работы, представляющей интерес в военном отношении».
Академик А.Н. Колмогоров, информируя о работах математической части Отделения физико-математических наук, отметил оборонно-прикладной характер выполняемых ею заданий – составление таблиц для всякого рода расчётов, технических и строительных. По заданию Главного артиллерийского управления Красной Армии А.Н. Колмогоров на основе своих работ в области теории вероятности рассчитал наиболее выгодное рассеивание артиллерийских снарядов. Точность попадания снарядов повысилась, действенность артобстрела возросла. Меткость огня зенитных батарей в годы войны тоже была заметно увеличена. С докладом о работе Института химической физики выступил академик Н.Н. Семёнов. Он сообщил, что основная деятельность института связана с усовершенствованием моторов внутреннего сгорания, а лаборатория взрывчатых веществ развивает свою деятельность по повышению их эффективности. Ведутся также работы, связанные с оборудованием танков, самолётов, в том числе противотанковых самолётов.
В.Г. Хлопин в докладе о деятельности Радиевого института отметил, что почти все темы, над которыми работает институт, являются новыми. Институт принимает участие в работах межинститутской бригады по дефектоскопии, причём сотрудники Радиевого института предложили и разработали области применения гамма-дефектоскопии. Одновременно ведётся работа по применению в военно-медицинских целях (диагностика) искусственных радиоактивных элементов.