Эти обстоятельства не получили однозначного объяснения до сих пор. Но Сталин получил все основания не верить в версию личной мести. Приказал применить к Николаеву методы «кнута и пряника», писал: «Кормите его, чтобы он окреп, а потом расскажет, кто им руководил, а не будет говорить, засыпем ему — все расскажет и покажет». Но чекисты еще и пытались противодействовать участию в следствии сталинских представителей! Не давали им материалы дела, не допускали к допросам. Иосифу Виссарионовичу пришлось звонить Ягоде и пригрозить: «Смотрите, морду набьем!»
Кстати, это опровергает клевету Троцкого и Хрущева о причастности к убийству Сталина. Все факты показывают, что он был заинтересован в выяснении истины, а не в ее сокрытии. А «засыпать» Николаеву не потребовалось. Этот неврастеник вел дневник, накануне покушения писал «политическое завещание». В дневнике были найдены фамилии видного зиновьевца Котолынова, троцкиста Шатского. И открылось, что подпольные кружки зиновьевцев и троцкистов по-прежнему существуют, что в Ленинград приезжали эмиссары Зиновьева из Москвы — Гертик, Куклин, Гессен.
В этих кружках обсуждалось, как будет развиваться политическая ситуация: «В случае возникновения войны современному руководству ВКП(б) не справиться с теми задачами, которые встанут, и неизбежен приход к руководству страной Каменева и Зиновьева». Охаивались грехи правительства, перемывались кости Сталину и его соратникам, дескать, «все зло от них». И в этих же кружках вращался Николаев, подкрепляя личное озлобление «высокими идеями». Он писал в «политическом завещании»: «…Я веду подготовление подобно А. Желябову… Привет царю индустрии и войны Сталину…»
Так возникли дела «ленинградского центра» и «московского центра». Выбивали ли признания из арестованных, как порой утверждают? Вряд ли. Потому что не выбили. В соучастии в теракте не сознался никто. Но обвиняемые вовсе не отрицали, что несут «моральную ответственность» за убийство. Что разговоры в их среде могли любого подтолкнуть взяться за оружие. 29 декабря все 14 обвиняемых по делу «ленинградского центра» были осуждены к высшей мере и расстреляны. По делу «московского центра» было привлечено 19 человек, в том числе Зиновьев и Каменев. Их судили не за теракт, а за подпольную пропаганду с тяжелыми последствиями, и они также признали «идеологическую ответственность» за случившееся. Московские обвиняемые получили разные сроки заключения. Зиновьев — 10 лет, Каменев — 5 лет…
Судили и руководителей ленинградского НКВД. Но их коллеги постарались выгородить, дело свели к халатности и наказали лишь понижениями по службе. Зато органы НКВД постарались реабилитироваться чрезмерным рвением. Расстреляли любовницу Кирова Мильду Драуле, ее сестру Ольгу и некоего Кулинера. За что? Почему их решили устранить? Эта загадка ушла с ними в могилу. Ну а «заодно» из Ленинграда провели массовую депортацию «бывших» дворян, офицеров и т. п., хотя они-то никогда не имели отношения к зиновьевцам и троцкистам. Теперь их выселяли в Оренбуржье, Казахстан, Сибирь. А по всей стране покатились аресты за «контреволюционную агитацию». В основном, по доносам: кто-то одобрил убийство Кирова, кто-то сказал «всех бы их так».
Но от убийства Сергея Мироновича начали раскручиваться и новые нити. После выстрела в Смольном решили проверить охрану Кремля. А когда копнули, за голову хватились. Служба была поставлена отвратительно. В Кремль мог проникнуть любой желающий, о перемещениях лидеров партии и государства знали все кому не лень. Мало того, вскрылся целый клубок махинаций. Секретарь президиума ВЦИК Авель Енукидзе, заведовавший хозяйством Кремля, оказался замешан во множестве злоупотреблений, коррупции, его уличили и в «моральном разложении» — сексуальных извращениях. Сталину этот бывший друг и группа связанных с ним «старых большевиков» стали омерзительны. Он писал Кагановичу: «Енукидзе — чуждый нам человек. Странно, что Серго и Орахелашвили продолжают вести с ним дружбу».
Также выяснилось, что охрана и обслуживающий персонал Кремля вовсю обсуждали личную жизнь руководства, распускали по Москве грязные сплетни. Некоторые признавались, что слышали в Кремле «антисоветские разговоры» и даже такие, которые попадали под обвинение в «террористических намерениях». Многих, как Енукидзе, поснимали с постов, охрану перетрясли. Двоих расстреляли, три десятка посадили, Каменеву увеличили срок с 5 до 10 лет (по «кремлевскому делу» проходил его брат).