Вновь предстоял долгий путь через Заволжье, Южный Урал, Сибирь. На разъездах поезд обгонял воинские эшелоны… Откуда-то из-под Омска Верещагин написал жене: «Поезд идет тихо, но без приключений. Везут много солдат и снарядов. Говорят, на месте есть уже 100 000 войска, а если дадут передохнуть еще, то скоро будет и 200 000. Боюсь, что потом будет перерыв из-за весенней воды и размыва от дождей…»
Одноколейная Сибирская магистраль не справлялась с перевозками. Ее пропускная способность была ниже всякой критики. У переправы через Байкал постоянное столпотворение. Кругобайкальский участок железной дороги еще был далек от завершения. Поезду наместника везде давали зеленую улицу. А воинские эшелоны часами и сутками простаивали на станциях и разъездах, начальники эшелонов до хрипоты бранились со станционными начальниками. Но заторы поездов от этого не исчезали. От Харбина повернули на юг по Южно-Маньчжурской железной дороге. Мукден, Лаоян и другие встречные города выглядели прифронтовыми. На станциях было много военных, на станционных путях стояли санитарные поезда, штабные вагоны разных тыловых служб. С юга прибывали раненые. Ползли слухи о разбойных бандах хунхузов, о глубоких рейдах японских диверсионных отрядов.
В Порт-Артуре поезд наместника встречали с помпой. На перроне был выстроен почетный караул из солдат и матросов, гремел гарнизонный оркестр, толпились штабные чины с подобострастными улыбками. Комендант крепости генерал Стессель, по духу своему не боевой военачальник, а скорее угодливый карьерист-сановник, из кожи вон лез, чтобы угодить Алексееву и великим князьям. Вице-адмирала С. О. Макарова, командующего эскадрой, вынужденного по долгу службы присутствовать на торжественной встрече, вся эта помпа раздражала. Особенно же он был не в восторге от прибытия великого князя Кирилла Владимировича, назначенного к нему начальником морского отдела штаба русских военно-морских сил. Должность эта была самой неопределенной, синекурой. Да и проку от Кирилла, разгульного лоботряса, было мало. Хлопот же с ним не оберешься — члена царской семьи трудиться по всей строгости не заставишь, к порядку не призовешь, элементарной дисциплине не научишь. Приходилось терпеть присутствие великого князя как горькую неизбежность.
Если приезд Кирилла и Бориса вызвал досаду адмирала, то Верещагину Степан Осипович искренне обрадовался. Их встреча была теплой, сердечной, как встреча старых друзей. Их знакомство состоялось еще в русско-турецкую войну. С. О. Макаров, тогда молодой капитан-лейтенант (он был на несколько лет моложе Василия Васильевича), разработал план операций речных миноносок против турецких кораблей с использованием шестовых мин, а Верещагин, как известно, участвовал в одной такой вылазке, стоившей ему тяжелой раны. В последующие годы развернулась яркая, многогранная деятельность Степана Осиповича — флотоводца, мореплавателя, ученого, изобретателя. Его научная деятельность была отмечена премией Академии наук и золотой медалью Географического общества. Макаров был автором ряда трудов и исследований по военно-морскому делу. Он изобрел бронебойный наконечник к снарядам, разработал идею создания мощного ледокола, который и был построен под его наблюдением и получил имя «Ермак». На нем Степан Осипович совершил арктические походы.
Макаров и Верещагин, два патриота, видевшие в служении Родине главную цель своей жизни, жадно потянулись друг к другу. Они оказались единомышленниками, разделявшими резко критическое отношение к высшим царским сановникам, виновным в преступной недооценке внешней опасности на Дальнем Востоке. У Макарова сложились сложные, натянутые взаимоотношения с наместником Алексеевым и комендантом крепости Стесселем — типичными представителями придворной камарильи. Степан Осипович со всей присущей ему энергией принимал меры к укреплению морской обороны Порт-Артура, готовился к борьбе с японским флотом, стал практиковать постоянные выходы боевых кораблей в открытое море, которые сковывали инициативу противника. Однако его разумные меры встречали непонимание, а то и противодействие со стороны вышестоящих штабных рутинеров, самого Алексеева и Стесселя. Макаров убеждался, что бюрократизм и косность мышления, препятствовавшие его деятельности, были порождены не столько личными качествами отдельных малоспособных военачальников, сколько пороками всей прогнившей самодержавной системы.